- Адрес Зойкиной квартиры указан в пьесе — Москва, улица Садовая 105, кв. 104. Такого дома никогда не существовало. Сам Булгаков в середине 1920-х годов жил на Садовой 10, кв. 50.
- Советские червонцы на жаргоне 1920-х годов называются в пьесе «черви» либо «червяки».
- В 2004 году во Владивостоке открылся ресторан «Зойкина квартира», в котором попытались воссоздать атмосферу 1920-х годов.
Литературные критики проводят аналогии между мёртвым телом Ивана Васильевича и произведением «Сказка о мёртвом теле, неизвестно кому принадлежащем» (1833) Одоевского. Подобное соответствие проводится также между мёртвым телом и колдуном из рассказа Гоголя «Страшная месть» (1832).
А. Б. Левин установил смелую аналогию между героями пьесы Булгакова и персонажами романа «Двенадцать стульев» Ильфа и Петрова, работа над которым началась в 1927 году, то есть вскоре после премьеры пьесы. Он утверждает, что Аметистов является прототипом Остапа Бендера, а Обольянинов — Кисы Воробьянинова.
Аметистов оказал влияние на будущего персонажа Остапа Бендера и текстуально. Аметистов, он же Путинковский, он же Антон Сигурадзе из пьесы похож на будущего Остапа Бендера из романа: обаятельный пройдоха, артистичный плут, элегантный мошенник, весьма активный и красноречивый, выпутывающийся из различных ситуаций. Аметистов, как и Бендер, перед первым появлением в пьесе вышел из тюрьмы. Аметистов был расстрелян в Баку, как Бендер зарезан в Москве — но оба они чудесным образом воскресли. Голубая мечта Аметистова — Лазурный берег и белые штаны («- Ах, Ницца, Ницца!.. [ср. О, Рио, Рио!..] Лазурное море, и я на берегу его — в белых брюках!»
В качестве прототипа главной героини — Зои — исследователями назывались сразу несколько реально живших лиц:
- Зоя Петровна Шатова, содержательница притона, арестованная в Москве весной 1921 года. Примечательно, что при её аресте были также задержаны поэты Анатолий Мариенгоф и Сергей Есенин. Эта версия считается основной после публикации в журнале «Огонёк» (1929 год, № 10) статьи следователя ЧК Самсонова «Роман без вранья + Зойкина квартира». В статье заявлялось следующее: «Зойкина квартира существовала в действительности. У Никитских ворот, в большом красного кирпича доме на седьмом этаже посещали квартиру небезызвестной по тому времени содержательницы популярного среди преступного мира, литературной богемы, спекулянтов, растратчиков, контрреволюционеров специального салона для интимных встреч Зои Шатовой. Квартиру Зои Петровны Шатовой мог посетить не всякий. Она не для всех была открыта и доступна. Свои попадали в Зойкину квартиру конспиративно, по рекомендации, паролям, условным знакам. Для пьяных оргий, недвусмысленных и преступных встреч Зойкина квартира у Никитских ворот была удобна: на самом верхнем этаже большого дома, на отдельной лестничной площадке, тремя стенами выходила во двор, так что шум был не слышен соседям. Враждебные советской власти элементы собирались сюда как в свою штаб-квартиру, в своё информационное бюро».
- Зоя Буяльская. Белозерская утверждала, что основой сюжета пьесы Булгакову послужила заметка в ленинградской «Красной газете» о раскрытии милицией карточного притона Зои Буяльской, действовавшего под вывеской пошивочной мастерской. Версия сомнительна, поскольку текст заметки до сих пор не найден исследователями творчества.
- Адель Адольфовна Тростянская, организовавшая в Ленинграде притон и дом свиданий под видом пошивочной мастерской и массажно-маникюрного кабинета. Судебный процесс над Тростянской освещался в октябре 1924 года вышеупомянутой «Красной газетой».
-Наталия Юльевна Шифф, жена художника Георгия Якулова. Этой версии придерживались В. А. Лёвшин и первая супруга Булгакова Татьяна Лаппа.