Поскольку воздействие энзимов на пищевые продукты очень напоминает ферментацию (брожение), раньше эти вещества называли ферментами. Однако ферментация осуществляется организованными ферментами — бактериями. Продукты ферментации не идентичны продуктам энзиматической дезинтеграции пищевых продуктов и не могут служить материалом для питания организма. Более того, они ядовиты. Гнилостное разложение тоже является результатом воздействия бактерий и приводит к образованию ядов, причем некоторые из них чрезвычайно опасны. Каждый энзим специфичен по своему действию, то есть воздействует только на один класс пищевых веществ. Энзимы, которые воздействуют на углеводы, не действуют и не могут действовать на белки, соли и жиры. Во многих случаях степень специфичности их действия этим не ограничивается. Например, при переваривании близкородственных веществ, таких как дисахариды (сложные сахара), энзимы, которые воздействуют на мальтозу, не способны воздействовать на лактозу. Похоже, что каждому сахару требуется специфический энзим. Физиолог Уильям Хауэлл говорит, что неоспоримых доказательств способности отдельных энзимов производить больше одного вида ферментного действия не существует. Это специфическое действие энзимов имеет большое значение, поскольку процесс переваривания пищевых продуктов включает несколько стадий, на каждой из которых должен действовать конкретный энзим, способный взяться за дело лишь после того, как вся предыдущая работа будет надлежащим образом выполнена другими энзимами. Например, если пепсин не превратит белки в пептоны, то энзимы, которые должны превращать пептоны в аминокислоты, ничего не сумеют сделать с белками, не прошедшими необходимую подготовку.