Однако в безупречном, на первый взгляд, продукте есть и недостатки. В соевом белке очень мало важной незаменимой аминокислоты (метионин), которая участвует в синтезе карнитина. В сое имеется ингибитор пищеварительного фермента трипсина. Его количество зависит от технологии переработки соевых бобов. Для избавления от ингибитора нужна дополнительная обработка белка с помощью ферментативного гидролиза. Поэтому соевые продукты могут нарушать переваривание пищи. Соя содержит изофлавоны – вещества, которые по своей структуре и воздействию напоминают женский гормон эстроген, поэтому влияние ее на мужской организм при регулярном употреблении оценивается очень неоднозначно. Согласно ряду исследований, включение в дневной рацион мужчин более или менее значительного количества соевого протеина (свыше 30 г в день) приводит к сбоям в работе эндокринной системы, итогом чего является усиление задержки воды организмом, ускоренное отложение жиров по женскому типу (в основном в абдоминальной области, то есть в области передней стенки живота и на бедрах), понижение уровня тестостерона в крови. Вдобавок ко всему, ряд исследователей предполагает, что длительный прием сои приводит к нарушению функции щитовидной железы – гипотиреоидизму. Возможно, в силу обозначенных особенностей соевый протеин пользуется спросом только в периоды поста у верующих, а также в качестве компонента в смесях с другими видами белка