Бобовые довольно богаты агентами, задача которых — защищать их семена, то есть антинутриентами. Это ингибиторы трипсина,особенно в соевых бобах, сапонины и гликозиды (см. раздел «Антинутриенты»). По этой причине бобовые следует всегда замачивать и тщательно варить. Замачивание бобовых также снижает в них уровень галактана — агента, который часто вызывает вздутие живота и метеоризм . Особенно вредное бобовое растение — красная фасоль, богатая лектинами. Потребление бобовых, которые были замочены, но при этом не были термически обработаны (например, в салатах) часто вызывает желудочно-кишечные проблемы.