Данная ситуация нашла отражение и в так называемой Тырновской конституции страны, принятой в апреле 1879 г. на заседании Первого Учредительного Народного Собрания в г. Велико-Тырново; в ней граница болгарской церковной области различалась от государственной. Согласно 39-й статье конституции, Болгарская Православная Церковь в княжестве Болгария и в пределах Османской империи сохранялась единой и неделимой. На практике церковное управление в Болгарии и на территории Османской империи было разделено и в значительной степени развивалось независимо друг от друга, поскольку турецкие власти не разрешали архиереям из княжества напрямую участвовать в управлении экзархатом. Лишь в 1908 г. экзарх впервые получил возможность сформировать законный Священный Синод.

Кафедра экзарха и после политического освобождения Болгарии осталась в Константинополе (Стамбуле). Митрополит Иосиф не хотел потерять влияния на полтора-два миллиона болгар, оставшихся проживать на территории Османской империи. До 1912 г. в состав Болгарского экзархата вошли семь епархий во главе с митрополитами, а также девять епархий, управляемых наместниками экзарха: восемь в Македонии и одна в Восточной Фракии. В княжестве Болгария первоначально существовали девять епархий. После объединения княжества Болгария и Восточной Румелии в 1885 г. к ним прибавились еще две епархии, в 1896 г. была учреждена Старо-Загорская епархия, а после Балканских войн 1912–1913 гг. к Болгарии отошла также Неврокопская епархия^[10].

В Пловдиве, Созополе, Анхиале, Месемврии и Варне наряду с болгарскими иерархами находились греческие митрополиты, подчиненные Константинопольскому Патриархату. Они оставались в Болгарии до 1906 г., когда местное население, возмущенное жестокими репрессиями греческих властей против славян в Македонии, захватило храмы, где служили эти архиереи, и добилось их высылки^[11]. На территории княжества Болгария в начале XX века было 1987 храмов, 1992 клирика и 104 монастыря, из которых самыми известными были Рильский (основанный в X веке), Банковский (XI века) и Троянский (основанный в XVII веке). Кроме того, в Македонии и Одринской епархии в состав экзархата входили 1600 храмов и часовен, 73 монастыря и 1310 клириков^[12].

После освобождения страны Болгарская Православная Церковь активно заботилась о развитии учебного дела и подготовке своих будущих пастырей, открывая семинарии и богословско-пастырские курсы. Болгарская Православная Церковь неоднократно ставила перед правительством вопрос об открытии богословского факультета при Софийском университете, однако это произошло только в 1923 г. До Крымской войны 1850-х гг. болгары получали высшее духовное образование в основном в Высшей школе Вселенской Патриархии на острове Халки или в Афинах, а после окончания войны начали поступать в русские духовные учебные заведения. И с этого времени, как уже говорилось, болгарских священнослужителей посылали для обучения преимущественно в российские семинарии и академии. К 1910-м гг. основную часть болгарских архиереев уже составляли их выпускники.

В Болгарии активно возводились новые храмы, в том числе были построены кафедральные соборы в нескольких городах. Особенно важным событием в истории Болгарской Церкви в этом плане стало строительство храма-памятника св. благоверного князя Александра Невского в Софии, воздвигнутого в память освобождения Болгарии от турецкого ига и царя-освободителя императора Александра II (в настоящее время Патриаршего кафедрального собора). Храм был построен по волеизъявлению и на средства болгарского народа в знак признательности русскому народу за освобождение в ходе русско-турецкой войны 1877–1878 гг. 13 апреля 1879 г. на заседании Первого Учредительного Народного Собрания в г. Велико-Тырново, выработавшего и принявшего Тырновскую конституцию, видный болгарский общественный и государственный деятель П. С. Каравелов предложил воздвигнуть храм-памятник в честь освобождения Болгарии и посвятить его русскому святому – Александру Невскому небесному покровителю императора Александра II. Это предложение было единодушно принято и для его осуществления избран комитет во главе с председателем – епископом Климентом (Друмевым, впоследствии митрополитом Тырновским). 26 февраля 1881 г. была образована Центральная строительная комиссия с комитетом при ней, который 1 июня 1882 г. обратился с воззванием о сборе средств к болгарскому народу, освобожденному от пятивекового турецкого рабства русскими братьями-славянами, потерявшими в этой войне около 250 тысяч солдат.

19 февраля 1882 г. на самом высоком месте в центре Софии была совершена закладка храма. Но ориентированное на Австро-Венгрию и Германию правительство немецких принцев Александра Баттенберга и Фердинанда I Кобургского всячески тормозило осуществление проекта. Лишь в 1895 г. дружески настроенное к России правительство К. Стоилова вновь подняло вопрос о постройке храма. Архитектору А. Н. Померанцеву было предложено переработать проект И. С. Богомолова и воздвигнуть более обширный и величественный храм, который внешним видом отвечал бы своему высокому назначению, а в архитектурном отношении отражал характерные черты древнеболгарского зодчества. Подписание проекта состоялось 31 марта 1904 г.

Земляные работы были начаты 5 августа 1904 г., а общее строительство собора было закончено в 1912 г., во время Первой Балканской войны. Из-за последующих политических потрясений завершение работ и освящение собора затянулось и состоялось только в 1924 г^[13].

Помимо возведения новых храмов, в ставшей независимой Болгарии печаталась духовная литература, выходила церковная периодика. С 1901 г. начался синодальный перевод Библии на новоболгарский язык, который был закончен в 1919 г. Церковь также стремилась заниматься духовно-нравственным воспитанием болгарского народа. При значительной финансовой и политической помощи Болгарии экзархат решал задачи просвещения и укрепления национального самосознания болгар, остававшихся на территории Османской империи. Экзарху Иосифу удалось добиться восстановления школ, закрытых здесь в период русско-турецкой войны 1877–1878 гг. Значительную роль играли общество «Просвещение», основанное в 1880 г. в Салониках, и «Училищное попечительство». До 1913 г. в Македонии и в Адрианопольском (Одринском) вилайете Болгарский экзархат имел 1373 учебных заведения (школ и гимназий) с 2266 учителями и 78 854 учениками^[14].

Существовавшее в Македонии в конце XIX – начале XX веков болгарское национальное движение было представлено четырьмя самостоятельными институтами – княжеством Болгария, экзархатом, внутренней македонско-одринской революционной организацией (ВМОРО) и верховным македонско-одринским комитетом (ВМОК), координировавшими свою деятельность^[15]. Однако влияние Болгарского экзархата в Македонии накануне Балканских войн 1912–1913 гг. все же оставалось очень сильным – к нему в крае принадлежало 1180 церквей^[16].

При этом светские власти Болгарии постоянно стремились вытеснить Православную Церковь на периферию общественной жизни. Экзарх Иосиф I был вынужден приехать в Софию, где оставался с 18 мая 1881 до 5 сентября 1882 гг. В результате 4 февраля 1883 г. вступил в силу «Устав экзархата, приспособленный для княжества», выработанный на основе устава 1871 г. В 1890 и 1891 гг. в него были внесены дополнения, а 13 января 1895 г. был утвержден новый устав, дополненный в 1897 и 1900 гг. Согласно этим законам, Церковью в Болгарском княжестве управлял Священный Синод, состоящий из всех митрополитов. Экзарх Иосиф I управлял Церковью в княжестве через своего наместника («делегата») в Софии, который должен был избираться митрополитами княжества с одобрения экзарха.

Во время правления князя Александра I Баттенберга (1879–1886) органы государственной власти редко вступали в конфликты с Болгарской Церковью. Ситуация изменилась в правление (1887–1918) князя, с 1908 г. царя, Фердинанда I Кобургского, католика по вероисповеданию. Наместник экзарха митрополит Тырновский Климент по указанию премьер-министра С. Стамболова был объявлен проводником крайнего русофильства и в 1887 г. выслан из столицы. В 1892 г. в связи с браком князя правительство предприняло попытку, проигнорировав Синод, изменить 38-ю статью Тырновской Конституции таким образом, чтобы и преемник Фердинанда I мог быть неправославным. Впрочем, вскоре Фердинад I, решивший нормализовать отношения с Россией, приказал освободить Тырновского митрополита Климента и объявил о своем согласии на переход наследника престола князя Бориса (будущего царя Бориса III) в православие. 2 февраля 1896 г. в Софии в кафедральном храме Святой Недели экзарх Иосиф I совершил таинство Миропомазания наследника^[17].

5 октября 1908 г. в г. Велико-Тырново (столице Второго Болгарского царства) в церкви Святых Сорока мучеников состоялось провозглашение независимости Болгарии, при этом страна была объявлена царством, а Фердинанд I – «царем болгар». Тырновский митрополит Климент (Друмев) торжественно короновал его царской короной^[18]. Следует отметить, что в целом после освобождения Болгарии влияние и значение Церкви в государстве постепенно снижались^[19].

Во время двух Балканских войн 1912–1913 гг. Святейший Синод Российской Церкви послал в Болгарию утварь для 150 новых храмов и часовен в освобожденных болгарских землях^[20]. Поражение Болгарии во Второй Балканской войне летом 1913 г., закрепленное текстами Бухарестского (10 августа 1913 г.) и Стамбульского (29 сентября 1913 г.) мирных договоров, было воспринято в стране как «первая национальная катастрофа»^[21]. Это поражение привело и к значительному сокращению территории экзархата: пять епархий отошли к юрисдикции Сербской Православной Церкви, Солунская (Фессалоникийская) – Элладской Церкви, а приходы в Южной Добрудже – Румынской Церкви. Во всех этих местах были закрыты болгарские школы, изгнаны архиереи и частично высланы болгарские священники и учителя. В подчинении Болгарского экзархата за пределами Болгарии осталась лишь Маронийская епархия в Западной Фракии. Экзарх Иосиф I сохранил паству главным образом в Константинополе, Адрианополе (Одрине, Эдирне) и Лозенграде и в 1913 г. принял решение перенести свою кафедру в Софию, но на берегах Босфора было оставлено наместничество, которым до его ликвидации в 1945 г. управляли болгарские архиереи^[22].

Несмотря на неблагоприятные для русских политические влияния, оказывавшиеся частью болгарского общества, руководство Болгарской Церкви поддерживало братские отношения с Россией. Так, когда болгарские австрофильские круги попытались навязать болгарскому народу унию с Римско-Католической Церковью, экзарх вместе с Синодом обратился с увещательным посланием от 19 декабря 1913 г. к своей пастве, призывая ее хранить святую православную веру и духовное единство с русским народом. Это было последнее послание и завет болгарскому народу экзарха Иосифа I, 3 июля 1915 г. он скончался. Вскоре первенствующий член Святейшего Синода митрополит Петроградский Владимир (Богоявленский) выразил телеграммой искреннее соболезнование наместнику-председателю Болгарского Синода по случаю кончины экзарха.

После кончины Владыки Иосифа I новый экзарх избран не был, и Болгарская Православная Церковь 30 лет управлялась Священным Синодом во главе с наместниками-председателями – местоблюстителями, которыми, как правило, являлись старейшие по рукоположению архиереи: в 1915–1916 гг. – митрополит Софийский Парфений, в 1919–1920 гг. – митрополит Доростоло-Червенский Василий, в 1920–1927 гг. – митрополит Пловдивский Максим, в 1927–1930 гг. – митрополит Врачанский Климент и в 1930–1944 гг. – митрополит Видинский Неофит.