Отправившаяся в Египетский поход армия была невелика. Изначально в ней состояли 54 тысячи человек, в число которых входили 26 тысяч моряков и 3 тысячи солдат, оставленных на Мальте. Французы надеялись, что египтяне встретят их как освободителей. Обращаясь к местным жителям, командующий заявлял: Народы Египта, вам скажут, что я пришел, чтобы уничтожить вашу религию. Не верьте этому, отвечайте, что я пришел, дабы восстановить ваши права, наказать узурпаторов, и что я буду более, чем мамелюки, уважать Бога, его пророка и Коран. 2 июля французы высадились на берег рядом с Александрией и мгновенно захватили город. Разгромив мамелюков 21 июля в знаменитой битве у Пирамид, они вступили в Каир. Однако не прошло и двух недель, как Англия нанесла ответный удар: командовавший английской эскадрой адмирал Горацио Нельсон не сумел перехватить Бонапарта по пути в Египет, однако полностью уничтожил французский флот 1–2 августа у его берегов в битве при Абукире. Уцелело лишь два судна; армия оказалась отрезана от метрополии, получение подкреплений из Франции стало невозможным.