Как и раньше, он участвовал почти во всех аспектах предвыборной кампании своего сына – о чем последний даже не всегда догадывался. Джо организовал свою собственную, скрытую от посторонних глаз кампанию в поддержку кандидатуры Джека, действующую независимо от официальной. Его самые преданные, работающие с ним всю жизнь, помощники незаметно контролировали появления Джека на разных мероприятиях, публиковали и распространяли агитационные материалы и – главное – помогали правильно распределить деньги между разными комитетами и общественными группами, которые могли дать дополнительные голоса избирателей. Джо уволил одного из самых верных помощников Джека, заменив его младшим братом – Робертом Кеннеди, который очень быстро проявил себя талантливым и незаменимым организатором. Теперь Бобби, а не Джо, возглавил избирательную кампанию брата. Но это совсем не означало, что Джо отошел от дел. Он без лишнего шума уговорил издателя газеты New Bedford Standard-Times, которая до этого поддерживала Тафта, агитировать консервативно настроенных республиканцев голосовать за Джека. Кроме этого, Джо тайно встретился с Джоном Фоксом, владельцем газеты Boston Post, который уже пообещал поддержку Лоджу, и убедил его изменить решение. Вскоре после встречи Фокс, который испытывал серьезные финансовые трудности, получил от Джо ссуду в полмиллиона долларов