В состав бурмистрских изб входили бурмистры – выборные от купцов, фабрикантов, сотен и слобод. Выборы бурмистров проводились ежегодно. Бурмистры, в свою очередь, выбирали из своей среды на каждый месяц президента, который стоял во главе избы.
Кроме того, все коллегии имели одинаковую структуру. Они состояли из присутствия и канцелярии. Президент коллегии назначался царем, вице-президент – царем по представлению Сената, остальные члены коллегии – Сенатом.
Отношения воевод с центральной властью были часто чрезвычайно неопределенны. Воеводам предписывалось вообще «писать обо всем почасту», или писать «о великих делах», или «о делах, которые за чем вершить будет немочно», без означения самих дел. В
Назначение воевод (сменяемых через 1–2 года службы) осуществлял Разрядный приказ, но в служебно-административном отношении воеводы подчинялись тем приказам, в которых ведались соответственно их города.