В 1155 г. князь Андрей Боголюбский получил от своего отца удел – город Вышгород под Киевом. В Вышгороде он услышал рассказ местных клириков о том, что в Вышгородском девичьем монастыре происходят необъяснимые перемещения Богородичной иконы, привезенной из Царьграда купцом Пирогощей. Икона сама перемещалась с одного места на другое, а порой парила в воздухе, будто ища себе достойного места. Князь Андрей давно хотел утвердить независимое от Киева владение в ростовских землях, он совершил молебен перед иконой, прося помощи Царицы Небесной в задуманном им деле, и тайно от отца, ночью покинул Вышгород, отправившись с иконой на север, совершая в пути молебны и становясь свидетелем многих чудес.

Во Владимире жители встретили князя с великой радостью. Из Владимира князь Андрей отправился было к Ростову, но в десяти верстах от города, вниз по течению Клязьмы, кони князя встали. Несколько раз поменяли коней, но они не двигались с места. Тогда князь разбил на этом месте шатер, в нем поставил все свои домашние иконы и стал молиться, испрашивая разрешения этого недоумения. Так угас день. В полночь, перед коленопреклоненным князь Андрей тихо предстала Божия Матерь и велела ему не продолжать пути, а остановиться здесь и построить обитель в честь Ее Рождества.

После этого видения князь велел искусным мастерам написать образ Богоматери таким, какой он явился ему, и назвал его Боголюбским. На нем Богородица изображена во весь рост со свитком в правой руке, а перед ней коленопреклоненный князь Андрей. Впоследствии и обитель получила название Боголюбской, и сам князь Андрей вошел в историю с поименованием Боголюбский.

Место чудесного явления стало любимым убежищем князя. Киевская летопись говорит о том, что в Боголюбове князь Андрей построил себе город-дворец, отстоящий от Владимира, как Вышгород от Киева. В Боголюбском дворце он собирал полки и принимал иноземных гостей.

Рождественская церковь монастыря была построена в 1159 г. на месте явления Божией Матери. Она стоит недалеко от спуска с горы, под которой протекает Клязьма. Когда строительство церкви было закончено, князь Андрей Боголюбский сам перенес в нее обе иконы Божией Матери – Владимирскую и Боголюбскую. В 1157 г. он установил совершать празднование Боголюбской иконе Божией Матери 18 июня.

В 1164 г. Владимирская икона Божией Матери сопровождала князя Андрея в походе против волжских булгар. Победа была одержана заступлением Богородицы. После победы, князь Андрей принес иконе благодарственный молебен, во время которого от иконы воссиял свет, озаривший все воинство. Прибыв в свою столицу, Андрей вскоре получил весть из Греции, что в то же время, когда была одержана победа над волжскими булгарами, император Мануил победил сарацынов, и в Греции наблюдалось подобное исхождение огненных лучей от иконы Спасителя. В память о сем чуде, по благословению освященного собора, князь Андрей установил празднество Происхождения Честных Древ Креста Господня 1 августа.

20 июня 1175 г. умер младший сын князя Андрея Глеб. Похоронив его в Успенском соборе, князь отправился в Боголюбово, утолять свое горе благочестивыми занятиями. Между тем, во Владимире приближенные великого князя плели заговор. Организатором заговора был Аким Кучка, сын Стефана Кучки, тестя Боголюбского. Он возненавидел князя за казнь своего брата. Найдя сообщников – Акима, зятя его Петра, казначея князя Анбала Ясина, Ефрема Моизича, он условился с ними собраться в Боголюбове, в канун праздника Петра и Павла. В субботу 30 (29) июня 1175 г., в канун святых апостолов, князь Андрей, совершив вечерние молитвы, заперся в опочивальне. Заговорщики отправились во дворец, но там их внезапно объял трепет. Тогда Анбал напоил их крепким вином. Опьяненные, они с дикой яростью перерезали стражу и вышибли дверь в опочивальню князя. Князь Андрей вскочил с постели и стал искать меч св. князя Бориса, но меча не было, Анбал спрятал его еще с вечера. Убийцы ворвались толпою и схватили князя. Будучи достаточно силен, он стал с ними бороться. Когда князь впал в обморок, убийцы решили, что убили его и пошли вон. Между тем, князь очнулся, вышел из опочивальни и упал подле крылечного столпа. Убийцы, заметив, что в опочивальне князя нет, со свечами пошли по кровавым следам и нанесли князю последние смертельные раны. Неистовый Петр отрубил князю правую руку, которой он хотел отвести удар.

Тело Андрея Боголюбского было выброшено убийцами в сад. На месте, где оно лежало, впоследствии была выстроена деревянная часовня. В северной стене этой часовни был вделан загадочный камень, выпуклый с трех сторон, напоминающий человеческую голову.

На следующий день после гибели князя Андрея, его верный слуга Козма поднял тело его, принес в церковь, но она была заперта, и положил на паперти, прикрыв ковром. Так тело лежало двое суток, под присмотром Козмы. На третий день в Боголюбов пришел Козмодемьянский игумен Арсений, и совершил отпевание.

После убийства князя Андрея, народ начал грабить Боголюбово и Владимир. Тогда, чтобы усмирить толпу, священник Николай, прибывший когда-то с князем Андреем из Вышгорода, вышел на улицы города в полном облачении, с Владимирской иконой Божией Матери.

На шестой день кончины князя (5 июля), когда бунт и смятения в Боголюбове поутихли, игумен Феодул, духовенство и граждане владимирские, взяли гроб князя и перенесли его во Владимир. Навстречу им большими толпами шли горожане. Андрей Боголюбский был погребен в Успенском соборе.

Убийцы князя были казнены. Одни великим князем Михаилом Георгиевичем, другие великим князем Всеволодом Георгиевичем, который, как говорит предание, Кучковичей, как более виновных, приказал зашить в короба и, засмолив, бросить в реку. В семи верстах на юго-запад от Владимира, в бору, есть Пловучее озеро. По местному преданию, тут и были утоплены Кучковичи.

С кончиной князя Андрея Боголюбов утратил свое значение. Последующие века не оставили от его древней славы никаких следов. Память о тех далеких временах в нынешнем Боголюбове хранят постройки князя Андрея XII в., сохранившиеся до наших дней, хотя и частично перестроенные впоследствии. После татарского нашествия уцелела часть княжеского дворца, она является редчайшим памятником гражданского зодчества XII столетия. У входа в древнекняжеские сени в неприкосновенности сохранялась ниша куда, по преданию, скрылся раненный князь Андреи, где он был найден убийцами и умертвлен. К северной стене храма примыкает небольшое помещение, сообщаемое с храмом посредством окна. Помещение это связывают с моленной комнатой семьи Андрея Боголюбского.

Недалеко от входа в храм, на месте явления Богоматери Андрею Боголюбскому, находится Святой шатер на четырех столбах, покрывающий круглую чашу, из которой будто бы Андрей Боголюбский раздавал милостынь и в которой торжественно освящали воду в день св. Леонтия. Святые ворота с церковью св. апостола Андрея Первозванного в 1683 г. были перестроены.

Во второй половине XIV в. в Боголюбове монастыре принял схиму св. Суздальский епископ Иоанн, оставивший кафедру после присоединения Суздаля к московской митрополии.

К XVII в. небольшая слободка при монастыре переросла в с. Боголюбово. В 1628 г. в вотчине монастыря упоминается церковь Богоотец Иоакима и Анны. В 1645–1647 гг. встречаются сведения о ее служителях – священнике Федоре Савинове, дьячке Левке Ильине и просвирницы Марьицы Марькеловой. В 1703 г. была построена новая церковь с прежним посвящением.

При учреждении штатов, Боголюбов монастырь был определен в третьем классе, но после переведен во второй.

В 1771 г. было установлено новое празднество Боголюбской иконе, в тот же день 18 июня, в память избавления жителей Владимира и его окрестностей от морового поветрия. В память этого был установлен крестный ход, которым 21 мая икону приносили во Владимир, а 16 июня возвращали в монастырь.

К началу XIX в. деревянные церкви Рождества Христова и Богоотец Иоакима и Анны пришли в ветхость. Вместо них была построена новая каменная двухэтажная церковь. В 1830 г. был освящен престол в нижнем этаже в честь Рождества Христова, в 1857 г. престол в верхнем этаже в честь св. прав. Иоакима и Анны. В 1855–1868 гг. была построена церковь еще одна церковь – Успения Божией Матери с приделами Симеона Богоприимца и свв. апостолов Петра и Павла.

В 1867 г. в Боголюбове монастыре жил на покое епископ Владимирский Иустин.

В настоящее время Боголюбов монастырь является действующим монастырем Русской Православной Церкви.

Церковь Покрова на Нерли. В версте от Боголюбова, среди заливных лугов, при слиянии рек Клязьмы и Нерли, стоит одинокая древняя Покровская церковь. Она была построена князем Андреем Боголюбским, в память сына Изяслава, скончавшегося в 1164 г. При церкви был основан Покровский (Нерлинский) мужской монастырь, существовавший до 1764 г.

Положение монастыря вдали от жилищ, на острове среди весенних разливов Нерли и Клязьмы, создало немало легенд. Говорили, что однажды, после всенощной на день Покрова, видели светозарных воинов, которые пронеслись от церкви, берегом Клязьмы, к Владимиру. Местные рыбаки видели старца, прошедшего в церковь сквозь ее закрытые двери.

Как-то, монах Боголюбского монастыря Амфилохий, читая полунощницу, увидел что Покровский храм объят пламенем. Братия поспешила к храму, но он оказался невредимым. Явление повторялось несколько раз. Донесли архиерею. Тот счел необходимым поселить при церкви монахов и совершать там богослужения. Начальником скита был назначен Амфилохий.

Само сохранение Покровской церкви было чудесным. В 1784 г. крестьяне с. Нового хотели заменить свою деревянную церковь каменной, и в качестве материала использовать пустующую Покровскую церковь. Когда было получено разрешение Владимирского епископа Виктора, крестьяне пришли разбирать церковь, но человек, попытавшийся снять крест, ослеп. Это поразило всех, и церковь трогать не стали.

Богослужение в Покровском храме совершалось только три раза в году.