Раз Иосиф, будучи болен, решил дать на помин о себе ржи преподобному Мартирию. Но выздоровел и забыл о своем решении. Тогда во сне он увидел огненный столп над Зеленецкой пустыней, из него простертую руку, рассыпающую на землю огненные искры. Видение устрашило Иосифа, он пришел к преподобному с раскаянием и привез рожь. Но пустынник не имел жернова, не был в состоянии превратить ее в муку, а затем в хлеб и попросил Иосифа продолжить свою милость – смолоть рожь и печь из муки хлебы, что тот и исполнил. Жестоко, многоболезненно было житие Мартирия в этой дикой и угрюмой пустыне. Однако ни дикость места и суровость холодных здесь испарений, ни лишения в самонужнейшем, ни дикие звери этой местности, ни козни врага не могли поколебать доблестного воина Христова, в котором не было ни робости, ни уныния. Ископав себе сперва малую ямину, а вскоре поставив и часовенку в прославление и благодарение Господа и Пресвятой Богородицы, Мартирий беспрерывным славословием стал оглашать и освящать пустыню, которая безжизненностью своей доселе пугала народ. Здесь он удостоился снова видеть во сне образ Богоматери. Ему представилось море, а на нем плавает икона Богоматери, подобная явившейся ему. Посмотрел он на правую сторону и увидел близ иконы Архангела со скипетром, как пишется Гавриил на иконе Благовещения Пресвятой Богородицы. Архангел приглашает подвижника приложиться к образу, и он после колебаний вступил в воду. Образ стал тотчас погружаться в море, и на поверхности осталась только ножка Спасителя. Преподобный взял ножку обеими руками и начал плакать со слезами: «Милостивый Светодавче, если и придется потонуть, пусть это будет с Тобою». И тот же час как бы некоторая буря перенесла образ через море, поставила подвижника на берегу, и образ скрылся.

Пустыня просветлела святою жизнью отшельника, и уже безбоязненно все более и более начали приходить в нее люди, не только чтобы назидаться словом и делом преподобного, но многие и для водворения вместе с Мартирием и для восприятия отшельнического жительства. Умножившееся братство учеников преподобного побудило его приступить к построению первой для служения малой церкви во имя Живоначальной Троицы. В убогую церковь, украшенную иконами из часовни, были перенесены на время и две иконы Пресвятой Богородицы: Тихвинская, принесенная самим Мартирием, и другая – Живоначальной Троицы, принесенная учеником его Гурием. Инок этот по выходе из храма увидел на небе крест, сиявший над крестом церковным, во свидетельство благодати Божией к месту сему и храму.

Скоро стало весьма многим известно население пустыни иноками, так что именитые люди новгородские и бояре начали присылать приношения сюда на храм и на братию. В числе их известный своей ревностью к церкви Христовой богатый новгородец Феодор Сырков, построивший несколько храмов своей казной, даровал обильные средства для сооружения в Зеленецкой пустыне каменной теплой церкви Благовещения Пресвятой Богородицы. Этот благодетель Зеленецкой пустыни, называемый то царевым мужем, то новгородским посадником, подпал вместе с другими новгородскими жителями под опалу царя Грозного в последнее пришествие его в Новгород в 1570 году и был замучен.

Господь благословлял пустынно-подвижнические труды преподобного, и благодать Божия видимо почивала на нем самом. По его словам, однажды в тонком сне ему явилась Божия Матерь.

«И видел я во сне, – повествует преподобный Мартирий, – Богородицу в девичьем образе, благолепную видом. Такой девицы благообразной я не встречал среди людей: умилена лицем, красива видом, длинные зеницы и черные брови, нос средний, опущенный. На голове Ее был венец золотой, разными цветами. Невозможно понять умом, нивысказать языком, как сиял он подобно солнцу. И вот Она в келлии моей, на лавке, в большом углу, где стоят иконы. Я же будто бы вышел из чулана (где спал), стал перед Нею и смотрел на Нее, не сводя очей своих с Ее красоты. И Она, Царица и Богородица, смотрела на меня. Я глядел, не отрываясь, на Ее святой лик, на очи, исполненные слез, готовых капнуть на пречистое лицо Ее. И тотчас была невидима. Встал я ото сна и был в ужасе. Выходя из чулана, зажег свечу от лампады, чтобы посмотреть, не сидит ли Пречистая Дева на месте, где я видел Ее во сне. Вошел на средину келии и не увидал на том месте. Подошел я к образу Одигитрии, стоящему в келии моей, и убедился, что воистину явилась мне Богородица в том образе, как изображена Она на иконе моей».

Вскоре после этого преподобный Мартирий, не имея возможности противиться настояниям многих учеников своих и опасаясь оставить их без пастыря духовного, должен был идти в Новгород, дабы принять от архиепископа сан священства и игуменства. Достоверно неизвестно, который из архиепископов Новгородских, Александр или Леонид, управлявшие епархией в 70-х годах XVI века, удостоили священства и игуменства преподобного Мартирия. Но по писцовым книгам Обонежской пятины видно, что преподобный Мартирий в 1582 году был уже игуменом и имел 12 человек братии в Зеленецкой обители.

После Сыркова Господь не замедлил даровать Зеленецкой пустыни нового, еще более богатого благотворителя. Преподобному надлежало быть в Москве; на пути старец остановился в Твери, где по царскому повелению проживал тогда бывший Касимовский царь Симеон Бекбулатович, любимый сын которого в то время находился при смерти от болезни, так как все врачебные средства оставались бесполезными. Когда печальному отцу возвестили о прибытии преподобного, которому уже сопутствовала слава о чудном житии его и о благодатных дарах Святого Духа, на нем напечатленных, последовал призыв старца к царю, новообращенному христианину. Но в ту самую минуту, когда царь Симеон с честью встретил подвижника, ему возвестили, что сын его умирает. Видя печаль отца, преподобный сказал ему: «Не скорби, царь, но все упование возложи на всесильного Бога, во Святой Троице присно славимого, и на Его Пресвятую Матерь, Пречистую Богородицу. Она, всемогущая Его Матерь, нас недостойных благоволит услышать, если мы молимся с верою».

Сотворив молитву перед бывшими с ним иконами Живоначальной Троицы и Пресвятой Богородицы, преподобный начал молебное пение с освящением воды, положив иконы на перси отрока, и тот, будто пробуждаясь от сна, встал с одра здоровый. С этой минуты Зеленецкая обитель обрела в царе Симеоне самого ревностного и щедрого почитателя. Не мог преподобный отречься от дара благотворительности и принял некоторую часть из тех значительных сумм, какие царь Симеон понуждал его принять на полное обустройство монастыря. Преподобный представлял при этом преклонность своих лет и невозможность ему начинать обширные сооружения; тем не менее пожертвования царя были приняты и вскоре построены и украшены церковь Богородицы честной иконы Тихвинской и церковь святителя Иоанна Златоуста, во имя Ангела царевича Иоанна. Вместе с тем же казной Симеона устраивались и улучшались и другие части обители.

Из Твери преподобный Мартирий продолжал свой путь в Москву, чтобы испросить царское утверждение основанному им монастырю. Благочестивый царь Феодор Иоаннович, сын Иоанна Грозного, вступивший на русский царский престол в 1584 году, сочувственно отнесся к просьбе преподобного Мартирия. В 7103 (1595) году последовала жалованная грамота, из которой видно, что братии Зеленецкого монастыря «повелено дати, по государевой грамоте, к монастырю три выти земли, и им дано две выти, а за третью выть дано им для их бедности и для монастырского строенья, на ладан и на вино церковное, на службы, на Ладожском озере ко Птинову носу Дубенский проход и Рябковский станок весь с пожнями и с рыбными ловлями и со всеми угодии». Такое царское пожалование, по которому монастырь получил в двух вытях 28 четей земли и богатые рыбные ловли, было весьма значительным приобретением для монастыря.

Преподобный Мартирий достиг между тем глубокой старости и, приготовляясь к смерти, ископал себе глубокий ров, поставил там своими руками устроенный гроб и проводил возле того гроба много часов в молитвах, слезах и размышлениях. Это делал он и для себя, и было тут назидание спасающимся. Наконец, уразумев час радостного отшествия своего от временной жизни в вечную, созвал он братию на последнее прощание и умолял возлюбленных о Господе чад своих иметь непоколебимую надежду на Пресвятую Живоначальную Троицу и всецело возложить упование на Матерь Божию, как и он, недостойный, верно уповал на Нее; завещал им пребывать неотступно в обители, быть в трудах благодушными и неленостными и в молитвах усердными. Особенно увещевал быть благими, щедрыми, милостивыми, приветливыми ко всем приходящим в обитель, напоминал слова Спасителя: Будите милосерды, якоже и Отец ваш милосерд есть (Лк. 6, 36). Увещевал преподобный братию не оставлять свой монастырь, помня, что можно везде спастись, живя с верой. Не советовал подвижник братии хлопотать об обогащении обители земельными вкладами, разрешая принимать от государя лишь милостыню на поминовение. Итак, поучив их пути спасения, преподобный объявил, что, отходя телом, духом пребудет всегда с ними, просил, чтобы избрали иного из среды себя пастыря, а не наемника, и заверил, что «если милость Господня на нем обрящется, то об отходящих от жизни в обители сей он имеет желанно и любезно молить Владыку, да спасет и успокоит души их; для живущих же все потребное, благое и спасительное в болотной и уединенной обители сей да умножится дивно, как в самой честной и славной».

Велика была печаль стада Христова, глубоки были рыдания сердечные, теплы молитвы и искренни излияния преданности и благодарности доброму пастырю, который обитель свою, возросшую из малой хижины до благоустроенного монастыря с большими и благолепными храмами, оставлял в наследие инокам достаточно уже обеспеченной в ее ежедневных нуждах.

«Благословен Господь Бог Израилев, – произнес Мартирий, – яко посети и сотвори избавление людем Своим».

Потом, приобщившись Животворящих Христовых Таин, в духовном веселии произнес еще несколько слов во спасение, дал братии последнее благословение и изрек: «Мир всем православным» – и почил о Господе светлой кончиной праведника 1603 года, 1 марта. Трудолюбное тело преподобного погребено близ церкви Богоматери, построенной на пожертвование царя Симеона, в могиле, ископанной собственными его руками. В настоящее время мощи преподобного Мартирия покоятся под спудом в подвальном этаже церкви святого Иоанна Богослова.