О детских годах будущего святителя мало что можно сказать. Но достоверно, что семья отличалась большой религиозностью и отец Иоанн с ранних лет брал сыновей с собой на службу. Любовь к храму с детства стала неотъемлемой частью жизни будущего святителя.
Начальное образование Василий Беллавин получил в духовном училище города Торопца. К этому периоду его жизни относится первое предсказание о великом пути святителя. Однажды отец Иоанн и три его сына спали на сеновале. Ночью он вдруг проснулся и разбудил их. Он сказал, что сейчас видел свою покойную мать, которая предсказала ему скорую кончину, а затем, указывая на вас, прибавила, что один сын его будет горюном всю жизнь, второй умрет в молодости, а Василий будет великим. Пророчество явившейся покойной бабушки святителя исполнилось на всех трех братьях.