Важным смысловым дополнением к бонсай стали камни – бонсэки и суйсэки, которые часто могли экспонироваться самостоятельно. Маленький камешек на деревянном постаментике рядом с бонсай может символизировать горную гряду, такой же камень в плоском бронзовом или керамическом поддоне, заполненном песком, олицетворяет остров в океане, а тонкая вертикальная прожилка кварцита означает водопад.