По повелению государя в 13-й день генваря 1589 г., следовательно спустя ровно полгода со времени приезда патриарха Иеремии в Москву, Годунов и дьяк Андрей Щелкалов ездили на подворье к патриарху и говорили ему: «Посылал к тебе государь наш, чтобы ты остался на патриаршестве Владимирском и всея России, но ты на то не произволил. И помыслил государь с своею благоверною царицею, поговорил с нашими боярами и велел посоветоваться с тобою о том, чтобы тебе благословить и поставить патриарха на Владимирское и Московское патриаршество из Российского Собора, кого Господь Бог, и Пречистая Богородица, и великие чудотворцы Московские изберут». Святейший Иеремия, советовав о том много с Годуновым, приговорил, что он на патриаршество Владимирское и Московское и всея России благословит и поставит из Российского Собора, кого благочестивый государь произволит, и благословение свое даст, чтобы впредь патриархам поставляться в Российском царстве от митрополитов, и архиепископов, и епископов по чину патриаршескому, а его бы государь пожаловал отпустил в Царьгород.

В 17-й день генваря собрались в царствующем граде Москве на Собор государь царь Федор Иванович, митрополит Иов, архиепископы: Новгородский Александр, Казанский Иеремия, Ростовский Варлаам, епископы: Суздальский Иов, Рязанский Митрофан, Смоленский Сильвестр, Тверской Захария, Коломенский Иосиф, Сарский Геласий, многие архимандриты, игумены и соборные старцы. Государь произнес на Соборе речь, в которой подробно изложил, как изначала поставлялись Русские митрополиты от Цареградских патриархов, а потом начали поставляться от своих архиепископов и епископов, как сносился он с Антиохийским патриархом Иоакимом об учреждении патриаршества в России и затем с патриархом Цареградским Иеремиею и как последний согласился наконец исполнить волю государя – поставить для России патриарха. По окончании речи государь предложил митрополиту Иову посовещаться со всеми отцами Собора, как бы, Бог дал, такое великое и преславное дело в России устроилось. Отцы Собора, посоветовавшись между собою, отвечали, что полагаются на волю его, благочестивого государя. Тогда приговорил государь с митрополитом и со всем Собором ехать к святейшему Иеремии дьяку Андрею Щелкалову, чтобы расспросить патриарха о патриаршеском поставлении и взять у него письменное сказание, как бывает это поставление. Иеремия отвечал Щелкалову, что поставление патриархов бывает так же, как и митрополитов, архиепископов и епископов, и дал ему вкратце изложенный на греческом языке рукописный чин патриаршеского поставления в великой цареградской церкви. Получив этот чин, государь послал еще дьяка Андрея Щелкалова на митрополичий двор сделать выписку, как бывает поставление митрополичье, и Щелкалов выписал и представил государю весь чин, по которому совершилось в 1581 г. поставление нашего митрополита Дионисия.

В 19-й день генваря царь Федор Иванович приговорил с митрополитом Иовом, с архиепископами, епископами, и всем Собором, и с боярами послать к святейшему Иеремии Ростовского архиепископа Варлаама и Смоленского епископа Сильвестра в сопровождении нескольких архимандритов, игуменов и старцев и дьяка Андрея Щелкалова, чтобы посоветоваться, как тому великому делу быть, когда быть избранию и наречению Московского патриарха и когда самому посвящению. Иеремия после совещания с прибывшими к нему приговорил: возвести на Московское патриаршество того, кого изберет Бог, и Пречистая Богородица, и великие чудотворцы Московские Петр, Алексий и Иона, и избранию быть в четверг 23 генваря, а поставлению – в следующий воскресный день, 26 генваря. Затем Иеремия стал расспрашивать, как происходит в Москве поставление митрополитов. Щелкалов отвечал: «Чин поставления у нас митрополита тот же, что и чин патриаршего поставленья, который ты написал и прислал государю, только твой чин изложен кратко, а в нашем чине написано сполна обо всем». Иеремии рассказали в общих чертах весь ход приближавшейся церковной церемонии и представили на бумаге самый «приговор государя царя о наречении патриарха Московского и всея России». Здесь во всей подробности начертан был план, по которому имело совершиться избрание и наречение Московского первосвятителя, и – что особенно замечательно – наперед были указаны самые лица, которых должно было избрать в кандидаты как на патриаршество, так и на вновь открывавшиеся митрополии, Новгородскую и Ростовскую.

Согласно с этим приговором, 23 генваря собрались в Успенский собор все русские архиереи, кроме митрополита Иова, оставшегося в своем доме, и отправили из среды своей двух епископов с несколькими настоятелями монастырей и старцами пригласить туда же Вселенского первосвятителя. Встреченный у собора с величайшею торжественностию, Иеремия в сопутствии двух своих греческих иерархов вошел в церковь и, приложившись к святым иконам и мощам святителей, стал на месте против чудотворной Владимирской иконы Пресвятой Богородицы и советовался тайно с архиереями об избрании патриарха. Тогда митрополит греческий Иерофей, архиепископ Казанский Тихон, Елассонский Арсений и епископы – Суздальский Иов, Смоленский Сильвестр, Рязанский Митрофан, Тверской Захария, Коломенский Иосиф и Крутицкий Геласий – удалились в придел Похвалы Пресвятой Богородицы и, заняв приготовленные для них места, избрали на патриаршество трех кандидатов, предуказанных в приговоре: Иова, митрополита Московского, Александра, архиепископа Новгородского, и Варлаама, архиепископа Ростовского, составили акт, или грамоту, избрания и собственноручно подписали его. Затем точно так же избрали трех предуказанных в приговоре кандидатов на митрополию Новгородскую: архиепископа Новгородского Александра, архимандрита троицкого Киприана и архимандрита рождественского во Владимире Иону – и трех также прежде указанных кандидатов на митрополию Ростовскую: Ростовского архиепископа Варлаама и архимандритов – новоспасского Сергия и чудовского Феодосия – и составили акты их избрания. Эти акты избиратели представили патриарху, который вместе с ними и отправился к государю. Федор Иванович, окруженный боярами, встретил патриарха и всех архиереев у дверей своей Золотой палаты и, приняв от патриарха благословение, пригласил их сесть. Чрез несколько минут Иеремия встал, возвестил царю о совершившемся избрании и поднес ему самую грамоту избрания кандидатов на патриаршество. Государь приказал дьяку Щелкалову прочитать эту грамоту вслух и из числа названных в ней избрал на патриаршество митрополита Иова, а вслед за тем послал трех архиереев и двух бояр звать его к себе. Когда Иов явился, государь встретил его в дверях своей палаты вместе с патриархом Иеремиею и со всем Собором и принял благословение от Иова. Последний принял благословение от Иеремии и поцеловался с ним в уста по обычаю патриархов. Государь сказал Иову речь, в которой объявил ему об его избрании в патриархи и просил его молитв. А Иеремия благословил Иова как «нареченного» в патриарха Московского и всея России. После того Иеремия поднес государю два остальные акта избрания кандидатов на митрополии Новгородскую и Ростовскую. Акты были прочитаны тем же дьяком Щелкаловым, и государь избрал и утвердил на первую митрополию Новгородского архиепископа Александра, а на вторую – Ростовского архиепископа Варлаама; Иеремия благословил того и другого в митрополиты и посвящение их предоставил будущему Московскому патриарху Иову. Так совершилось наречение первого нашего патриарха, в палатах государя, а не по тому чину, который дан был Иеремиею и по которому оно должно было совершиться в церкви. И хотя из царских палат оба патриарха пошли в Успенский собор, но там уже не происходило никакого наречения, а только после краткого молитвословия приложились они к святым иконам, сотворили между собою братское о Христе целование и расстались. Иеремия тотчас отправился на свое подворье, сопутствуемый несколькими архиереями и архимандритами. А Иов выслушал в соборе литургию и уже тогда пошел в свой двор также в сопровождении архиереев и архимандритов, которые и многолетствовали ему там на патриаршество Московское.

Чрез три дня, 26 генваря, совершилось в Успенском соборе и поставление Иова в патриарха, для чего также предварительно составлен был подробный «чин и устав». Посреди собора устроено было возвышенное место; на нем поставлены были три седалища: для царя – покрытое красным бархатом с золотом и для двух патриархов – покрытые черным бархатом, а по обе стороны к алтарю от этого места поставлены были длинные скамьи для прочих архиереев и настоятелей монастырей. Пред этими седалищами на церковном помосте написан был единоглавый орел с распростертыми крыльями, вокруг которого поставлены были двенадцать огневиков, чтобы никто не мог ступать на него. Когда прибыли в собор сперва Иов, удалившийся для облачения в придел Похвалы Пресвятой Богородицы, потом Иеремия, облачившийся торжественно посреди церкви, и, наконец, царь и когда царь и патриарх, а за ними и прочие архиереи и духовные власти заняли свои места, тогда царь и патриарх послали соборного протопопа Евфимия и патриаршего архидиакона Леонтия за новонареченным патриархом Иовом. Иов, приведенный ими, стал пред орлом, слегка поклонился царю и патриарху и прочел вслух свое исповедание православной веры, или присягу, совершенно сходную с тою, какую читали при поставлении своем наши митрополиты, с немногими только изменениями в словах и приспособлениями к патриаршему сану. Как только чтение окончилось, протопоп снял с Иова митру и возгласил: «Вонмем». А Иеремия, встав и издали благословляя Иова, произнес: «Благодать Пресвятого Духа нашим смирением имеет тя патриархом в богоспасаемом царствующем граде Москве и всего Российского царствия». Тогда Иов подведен был протопопом и архидиаконом к патриарху и принял от него благословение, поцеловал в уста всех архиепископов и епископов и, став пред царем и патриархом, мало поклонился им. А Иеремия, поднявшись снова и издали благословляя Иова, сказал: «Благодать Пресвятого Духа да будет с тобою». Иов тотчас взошел на уготованное ему место на возвышении, и оба патриарха здравствовали государю, а государь здравствовал им, и все архиереи и освященный Собор здравствовали царю и патриархам. Иов, поклонившись до земли, отошел в придел Похвалы Пресвятой Богородицы, а государь, приняв благословение у Иеремии, перешел с возвышения на свое царское место. Иеремия начал литургию, и, в то время как он после малого выхода вошел в главный алтарь, протопоп и архидиакон привели Иова из придела Похвалы Богородицы и поставили пред царскими дверьми этого алтаря. По окончании Трисвятой песни Иов был введен в самый алтарь чрез царские врата двумя старшими архиереями. И Иеремия совершил над ним вместе с другими святителями полное архиерейское рукоположение с произнесением молитвы: «Божественная благодать, всегда немощная исцеляющая» и пр., равно как и других молитв. Потом оба патриарха продолжали литургию вместе. По окончании ее святители вывели новопоставленного патриарха из алтаря на возвышение посреди церкви и три раза сажали его на кафедру при пении ему многолетия. Здесь Вселенский патриарх вручил Иову посох святого Петра митрополита, а царь, взошедши на то же возвышение, пожаловал новому патриарху золотую панагию с драгоценными камнями, мантию и белый клобук с украшениями и, вручая ему другой посох, произнес ту самую речь, с некоторыми приспособлениями к случаю, которую прежде говаривали наши государи митрополитам при вручении им жезла, на что Иов также отвечал обычною речью государю. Потом оба патриарха благословляли народ на все четыре стороны, а все духовенство, и бояре, и певчие дьяки многолетствовали государю и патриархам.

В тот же день был у государя стол для обоих патриархов, знатного духовенства и бояр, и, когда подано было третье кушанье, святейший Иов поднялся из-за стола и отправился с воздвизальным крестом в руках на осляти вокруг «города старого». Осля вел государев окольничий князь Лобанов-Ростовский да патриархов боярин Плещеев. Пред патриархом шли певчие дьяки и пели избранные стихиры; за патриархом – государевы дворяне, да его дьяки, и дети боярские, и множество народа. На Флоровском мосту патриарх сошел с осляти на приготовленное место, прочел молитву о благоденствии города, царя и царства, потом осенил святым крестом и окропил святою водою на все четыре стороны, сел на осля и отправился ко дворцу, а по возвращении в царские палаты снова занял свое место за столом. По окончании трапезы явлены были богатейшие дары, сперва от царя, потом от царицы, обоим патриархам, греческим митрополиту и архиепископу и всем другим лицам, находившимся в свите Иеремии.

На другой день, 27 генваря, в понедельник, Иов отслужил обедню на своем дворе у Соловецких чудотворцев и давал обед для патриарха Иеремии, всего высшего духовенства, русского и греческого, и нескольких бояр и дворян по назначению самого государя. Замечательна встреча обоих патриархов в патриарших палатах. Иеремия захотел первый просить себе благословения у новопоставленного Московского патриарха. Но Иов сказал: «Ты мне великий господин, и старейшина, и отец; от тебя принял я благословение и поставление на патриаршество, и ныне тебе же подобает нас благословить». На это Иеремия отвечал: «Во всей подсолнечной один благочестивый царь, а впредь что Бог изволит; здесь подобает быть Вселенскому патриарху, а в старом Цареграде за наше согрешение вера христианская изгоняется от неверных турок». И затем сначала Иеремия благословил Иова, потом Иов Иеремию, оба облобызались. Вскоре, еще до начала трапезы, оба патриарха и прочие архиереи приглашены были в царский дворец, где Иов в Золотой палате поднес государю свое «благословение», или «поминки»; оттуда перешли в покои царицы Ирины, где благословили ее и боярских жен, ей служивших, причем Иов поднес и царице свои поминки, а она снова пожаловала обоих патриархов своими дарами, и Цареградскому, между прочим, сама вручила драгоценный золотой потир, усыпанный шестью тысячами жемчужин кроме других камней. Возвратившись из дворца, патриархи и их спутники сели за трапезу, по окончании которой Иов явил свои подарки Вселенскому патриарху и прибывшим с ним двум святителям и прочим лицам. Во вторник, 28 января, утром приходили к Иову знатные бояре, дворяне, приказные, гости и торговые люди и, поздравляя его с посвящением в патриархи, подносили ему хлеб-соль и разные многоценные подарки. Потом Иов совершил литургию в Успенском соборе и давал обед собственно для своего русского духовенства, бояр, боярских детей, приказных и гостей. На третьей ястве патриарх вышел из-за стола, и, как прежде, сел на осля, и объехал вокруг «города большаго каменнаго». При этом осля под патриархом вел сначала Борис Федорович Годунов с патриаршим боярином Плещеевым, а потом князь Лобанов-Ростовский. По возвращении в свои палаты Иов докончил начатую трапезу с своими гостями и с благословением отпустил их восвояси. В четверг, 30 января, Иов рукоположил на митрополию Новгородскую архиепископа Александра, а в один из ближайших дней и на митрополию Ростовскую архиепископа Варлаама. В первых числах февраля (4–11) с дозволения государя Вселенский патриарх ездил в Свято-Троицкую Сергиеву лавру и провел там пять дней. Монастырские власти поднесли ему и всем прибывшим с ним различные поминки по предварительному указанию самого государя. Пред наступлением Великого поста Иеремия начал было снова проситься на родину. Но Борис Годунов прибыл к нему на подворье и, указывая на трудности путешествия в такое время, умолил святейшего именем своего государя продолжить еще свое пребывание в Москве.