Дела псковские и новгородские, обращавшие на себя столько внимания митрополита Феодосия, оставались на первом плане и в управление святителя Филиппа. Мы видели, что псковичи покорились решению великого князя и митрополита Феодосия, не согласившихся дать им отдельного епископства. В сентябре 1465 г. они возобновили даже с новгородцами клятвенный договор, чтобы держать им между собою мир по старине и владыке Новгородскому по старине же ездить в Псков за своею пошлиною. А в начале октября владыка Иона действительно приезжал в Псков и здесь встречен был с честию, совершал торжественные священнослужения, прожил около четырех недель и собрал свой «подъезд» со священников. Но мысль отделиться от Новгородского владыки и достигнуть церковного самоуправления не оставляла псковичей. Осенью 1468 г. священноиноки, священники всех пяти Соборов и вообще все священство Пскова явились на вече и, указывая на мор, пожары и другие бедствия, постигавшие город в последние годы, говорили собравшемуся народу в присутствии князя и посадников: «Сами видите, чада, что такую милость посылает на нас Господь по грехам нашим и ожидая как от вас, так и от нас обращения к Себе. Потому мы положили между собою по правилам святых апостолов и святых отцов во всем священстве поддержать крепость, чтобы нам управляться и жить по Номоканону. А вы будьте нам поборниками, потому что здесь над нами нет правителя. Да и вы иногда вступаетесь миром в церковные дела не по правилам, так мы хотим и на вас положить такую же духовную крепость». Псковичи отвечали: «То ведаете вы, Божие священство, а мы вам поборники на всякий благой совет». Тогда все пять Соборов и все священство написали грамоту из Номоканона о своих священнических крепостях и церковных делах и положили ее в общественный «ларь», а правителями над собою для исполнения этой грамоты избрали на вече пред всем Псковом двух священников и, кроме того, тогда же отлучили от службы всех вдовых священников и диаконов во всей Псковской области. Вскоре, однако ж, на одного из избранных правителей-священников восстали какие-то клеветники и он бежал в Новгород к владыке. В январе следующего года владыка приехал в Псков и, призвав к себе все священство и посадников, начал спрашивать их о крепостной грамоте и говорил: «Кто это так сделал без моего ведома? Я сам хочу судить здесь, а вы бы вынули ту грамоту и подрали». Ему отвечали: «Ты, господин, сам знаешь, что ты здесь ненадолго, а таких дел, какие в последнее время укоренились в здешнем духовенстве и сильно смущают Церковь Божию, скоро исправить нельзя. Мы не в состоянии высказать тебе, до какой степени дошло бесстыдство. Притом грамота наша, положенная в ларь, выписана из Номоканона, а ты сам, подобно прежним владыкам, благословил нас править все священнические дела по Номоканону с твоим наместником, нашим псковитянином». Владыка сознался, что дело очень важно, и сказал: «Я доложу митрополиту и извещу вас, как он прикажет поступить». Через девять месяцев (в октябре) великий князь и митрополит прислали в Псков своих послов с грамотою, чтобы псковичи предоставили управление духовенством своему богомольцу-архиепископу, как заведено искони. Тогда же прислал своего посла и архиепископ и велел сказать псковитянам, что если они возложат на него это святительское дело, то сами увидят, как он поддержит духовную крепость и в священниках, и во всем церковном управлении. Псковичи покорились и хотя помедлили еще, но наконец 5 января 1470 г. вынули из ларя свою грамоту и подрали. Получив о том известие, владыка дал приказ в Псков, чтобы вдовые священники и диаконы ехали к нему в Новгород на управление. «И начали, – пишет современный местный летописец, может быть из числа лиц, враждебных архиепископу, – ездить к нему вдовые священники и диаконы, а он начал брать от них мзду – у кого по рублю, у кого по полтора и всем без испытания начал разрешать священнослужение и выдавать новые грамоты за печатьми из-за мзды, а не по правилам святых отцов, тогда как сам обещался пред всем Псковом по Номоканону править всеми церковными делами и вдовыми священниками», Само собою разумееется, что такой образ действий Новгородского владыки не мог нравиться псковичам и привязать их к нему.

Едва окончилось нестроение в Пскове, как началось другое – в Новгороде. Архиепископ Иона преставился (5 ноября 1470 г.). На место его избрали трех кандидатов: его духовника Варсонофия, ключника Пимена и ризничего Феофила. Жребий указал на последнего. Новоизбранного немедленно возвели на владычные сени и послали в Москву просить ему опасной грамоты для проезда туда на посвящение. Грамота была выслана великим князем, но Феофил в Москву не поехал, потому что обстоятельства в Новгороде переменились. Там взяла верх партия литовская, желавшая отделиться от Москвы и соединиться с литовским князем. К этой партии, во главе которой находилась вдова посадника Борецкого Марфа со своими сыновьями, пристал и бывший в числе кандидатов на архиепископство монах Пимен. Потеряв надежду получить святительский сан от Московского митрополита, он рассчитывал добиться того же от митрополита Литовского Григория и говорил своим: «Пошлите меня хоть в Киев, я и туда поеду на поставление». Успев неправедно обогатиться из казны архиепископской, пока был ключником, он передавал много золота Марфе посаднице для привлечения на свою сторону народа. И хотя происки этого честолюбца и разграбление им казны владычней скоро возбудили против него негодование и он с бесчестием был изгнан, но партия литовская достигла своей цели. Новгородцы заключили с литовским князем Казимиром договор, в котором, между прочим, было условлено, чтобы Казимир не отнимал у них православной веры греческой, предоставил им поставить себе владыку, где сами захотят в своем православном христианстве, не ставил ни в Новгороде, ни во всей земле Новгородской римских церквей и держал на Городище своего наместника непременно веры греческой, православной. Заметим, что в договоре со стороны новгородцев участвовал и нареченный на владычество Феофил. Когда известие о движениях в Новгороде достигло Москвы, оно произвело там сильное впечатление. Там думали, что новгородцы хотят не только отложиться от московского князя и передаться литовскому, но вместе отложиться от православия и перейти в латинство. В этом убеждении великий князь отправил в Новгород своего посла с жалованьем и с такими речами, «чтобы отчина его от православия не отступали, лихую мысль у себя из сердца удалили, к латинству не приставали и ему, великому князю, били челом да исправились, а он, великий государь, готов жаловать их и держать по старине». С своей стороны и митрополит Филипп послал новгородцам, одну за другою, две обширные грамоты. Он выражал свое удивление, как пришла им неподобная мысль отступить от своего господина, «отчича и дедича», христианского государя русского, и приступить к чужому, латинскому государю и королю. Напоминал участь Константинополя, который, пока тверд был в православии, оставался непоколебимым, а как только соединился с латинами на Флорентийском Соборе, то впал в руки поганых турок. Убеждал нареченного владыку Феофила, архимандритов, игуменов и все священство, чтобы они утверждали своих духовных детей в православной вере и оберегали их от сетей латинской ереси. Убеждал старых посадников, тысяцких, бояр и купцов, чтобы они наставляли молодых людей, которые еще не навыкли доброй старине, и удерживали их от злого начинания оставить православие и приступить к латинам. Убеждал всех новгородцев смириться под крепкую руку благоверного государя земель русских, не отдаваться латинскому господарю и не допускать, чтобы в церквах их поминалось на ектениях имя иноверного государя. Наконец, приглашал Феофила приехать в Москву по опасной грамоте для рукоположения. Когда убеждения не подействовали на новгородцев, в Москве увидели необходимость двинуть на них свои полки. Но едва рать выступила в поход, едва сам великий князь Иоанн Васильевич отправился вслед за нею (20 июня 1471 г.), как святитель Филипп поспешил отправить к нему свое ходатайство за новгородцев и писал: «Молим Господа Бога и Его Пречистую Матерь, да исполнит Он все благие желания сердца твоего, но и да умилостивит твое пречестное сердце по нашему прошению. Бью челом твоему великому благородию, чтобы ты смиловался над ними: пришлют к тебе, своему государю, люди твои, отчина твоя, Великий Новгород, бить челом – и ты бы пожаловал, не презрел нашего моления пред тобою, утолил свой гнев, принял их челобитье, поудержал свой меч от пролития христианской крови. Напоминаю тебе слова Господни: Будите милосерда, якоже Отец ваш Небесный милосерд есть… Блажени милостивый, яко тии помиловани будут». Ходатайство митрополита было очень благовременно.

После нескольких удачных стычек с новгородцами войска великого князя нанесли им страшное поражение на реке Шелони (14 июля) и заставили их смириться. Нареченный владыка Феофил, старые посадники и житые люди приехали к Иоанну просить пощады. Великий князь смиловался, взял большой окуп (15500 рублей) и заключил с новгородцами новый договор (11 августа), по которому они обязывались пред великим князем и сыном его Иоанном Иоанновичем «за короля и великого князя литовского от вас, великих князей, нам, вашей отчине, вольным людям, не отдаваться никакою хитростию и князей нам у короля на пригороды не просить и не принимать, а на владычество нам избирать себе по своей старине, и владыке нашему ставиться в дому Пречистой, у гроба святого Петра чудотворца в Москве, и нигде нам, кроме Московского митрополита, владыки себе не ставить, а пошлины вам, великим князьям, и вашему отцу митрополиту от владыки нашего иметь по старине и лишнего не прибавлять». Через четыре месяца Феофил прибыл в Москву и декабря 15-го поставлен на архиепископию митрополитом Филиппом с пятью епископами.

С апреля 1472 г. главная забота митрополита Филиппа была сосредоточена на сооружении нового Успенского собора вместо прежнего, уже обветшавшего и частию обрушившегося. Но святитель едва только успел заготовить материалы для здания, разобрать прежний храм и начать новый. Через год (4 апреля) случился в Кремле большой пожар, от которого сгорел и митрополитский дом. Наутро, когда огонь стал утихать, митрополит пришел в деревянную церковь Успенского собора (временно устроенную) и со слезами начал петь молебен у гроба святителя Петра. Прибывший туда же великий князь, желая утешить святителя, говорил: «Бери у меня, отче, сколько хочешь хором и запасов». Но митрополит, изнемогши телом и почувствовав, что у него ослабела одна рука и нога, сказал князю: «Богу так угодно, отпусти меня в монастырь». Князь не согласился, а велел на время перевесть святителя в близ находившееся Богоявленское подворье Троицко-Сергиевой лавры. Здесь в ночь на 5 апреля митрополит Филипп скончался.

По зову великого князя ко дню святоговеликомученика Георгия (23 апреля) явились в Москву архиепископ Ростовский Вассиан и епископы: Суздальский Евфимий, Рязанский Феодосий, Коломенский Геронтий, Сарский Прохор. А Новгородский архиепископ Феофил и епископ Тверской Геннадий прислали своих послов, выражая свое согласие признавать митрополитом того, кого по воле Божией изберут великий князь, прочие епископы и весь Собор. Собор избрал епископа Коломенского Геронтия, который 4 июня был введен на митрополичий двор, а 29-го, т. е. в день святых апостолов Петра и Павла, поставлен в митрополита.

Святитель Геронтий был человек с твердым характером и в делах церковных не раз обнаруживал свою самостоятельность даже по отношению к великому князю. В 1478 г. иноки знаменитого Кирилло-Белозерского монастыря, гордясь своим богатством, задумали освободиться из-под власти Ростовского архиепископа Вассиана и перейти в непосредственное ведение своего удельного князя Михаила Андреевича верейского. Князь Михаил просил о том митрополита. Геронтий исполнил желание иноков и дал князю грамоту на монастырь. Архиепископ Вассиан начал бить челом митрополиту, чтобы он, вопреки правил, не вступался в его пределы, – митрополит не послушал его. Вассиан обратился с просьбою к великому князю – митрополит не послушал и великого князя. Тогда Иоанн Васильевич послал взять у князя Михаила митрополичью грамоту и приказал быть в Москве Собору епископов и архимандритов, чтобы дать суд архиепископу Ростовскому с митрополитом. Открылись продолжительные изыскания, и митрополит, убоявшись суда соборного, умолил великого князя примирить его с Вассианом. Мир состоялся, грамота митрополичья была разорвана, а Кириллов монастырь указали ведать по старине архиепископу Ростовскому. Вся эта смута произошла, замечает летописец, от бывшего тогда новоначального кирилловского игумена Нифонта и от новоначальных старцев, а старые старцы, постриженники того монастыря, все со слезами молили Бога, чтобы Он укротил брань и оставил их жить в повиновении своему святителю Ростовскому, как жил преподобный Кирилл.

Вскоре за тем, когда совершилось в Москве (августа 12-го) освящение Успенского собора, какие-то «прелестники» наговорили великому князю, что митрополит ходил вокруг церкви со крестами не по солнцу. Князь прогневался на митрополита и сказал, что за такие дела приходит гнев Божий. Открылось публичное расследование вопроса, посолонь ли или против солнца должно ходить при освящении церкви. Но в книгах об этом ничего не нашли. Много было речей и спору. Некоторые архимандриты и игумены говорили за митрополита и один сказал: «Я видел на Святой горе освящение церкви – там ходили со крестами против солнца». Сам митрополит приводил во свидетельство то, что диакон при каждении престола начинает с правой стороны и, следовательно, ходит вокруг престола против солнца. А Ростовский владыка Вассиан Рыло и чудовский архимандрит Геннадий, которых великий князь призвал на спор, в защиту противоположного мнения не представляли никакого свидетельства, но только говорили: «Христос, Солнце праведное, наступил на ад, связал смерть и освободил души; потому и на Пасху исходят, то же прообразуют на утрени». Много спорили, но ничего не решили. Важные гражданские дела и особенно нашествие татарского царя Ахмата отвлекли великого князя от этого церковного дела. Но чрез три года он снова начал распрю с митрополитом за то, что последний при освящении соборной церкви ходил вокруг нее с крестами не по солнцу. Митрополит огорчился и съехал в Симонов монастырь, оставив в соборе свой посох и взяв с собою только ризницу. У митрополита была мысль и совсем отказаться от кафедры и поселиться в келье, если великий князь не придет к нему бить челом и не перестанет настаивать, чтобы ходить посолонь. Между тем построено было много новых церквей, и великий князь не велел освящать их, пока не решится спорный вопрос. Но все священники и книжники, все иноки и миряне говорили за митрополита, а за князя – только Ростовский владыка Иоасаф, преемник Вассиана, да чудовский архимандрит Геннадий. Тогда Иоанн Васильевич увидел нужду уступить. Он послал сына своего просить митрополита, чтобы он возвратился на свой стол, митрополит не послушал. Великий князь поехал к нему сам и бил ему челом, прося возвратиться на кафедру, признавал себя виновным во всем, обещался слушать митрополита во всех речах и предоставить ему совершать крестные ходы по своей воле, как было в старину. И митрополит возвратился