Вооружённые формирования армян, оснащённые стрелковым оружием, гранатомётами и миномётами, представляли серьёзную угрозу. Организуя засады, они атаковали проезжавшие колонны, совершали нападения на заставы ВВ и СА, обстреливали азербайджанские населённые пункты. Так, 9 января 1991 г. по дороге из Лачина в Шушу у села Галадереси Шушинского района автомашина, в которой находилась репортёр газеты «Молодёжь Азербайджана» Салатын Аскерова, попала под обстрел армянских боевиков. Вместе с ней в машине было трое военнослужащих: командир батальона – подполковник О. Ларионов, начальник штаба военной комендатуры Лачинского района – майор И. Иванов и сержант И. Гойек. В результате нападения журналистка С. Аскерова и трое военнослужащих ВВ МВД СССР погибли.

Было совершено покушение на начальника УВД по НКАО – генерал-майора В. Ковалёва. Вот как описывает это покушение Р. Кочарян: «Однажды, когда Ковалёв в очередной раз куда-то ехал, в хвост «Нивы» пристроился грузовой уазик – небольшая машина с маленьким, наглухо закрытым кузовом и дверцами сзади. Такие автомобили тогда часто встречались, поэтому её появление никаких подозрений у Ковалёва не вызвало. На мосту рядом со стадионом уазик резко обогнал «Ниву». Ковалёв, не сбавляя скорости, помчался за ним, не придавая значения тому, что уазик начал слегка притормаживать. Когда расстояние между машинами сократилось метров до 10–15, задние дверцы уазика внезапно распахнулись, и оттуда раздалась длинная автоматная очередь – весь магазин был выпущен в лобовое стекло «Нивы», практически в упор. В такой ситуации человеку, сидящему за рулём, выжить абсолютно невозможно! Но Ковалёв не просто выжил, его даже не зацепило – невероятный случай! Спасла его уникальная реакция, хладнокровие и, видимо, афганский опыт: увидев, что дверцы уазика открываются, он в ту же секунду соскользнул под приборный щиток и лёг на педали – маленький и юркий, он ушёл туда весь и свернулся клубком. Машина пролетела остаток моста и, съехав с него, свернула в кювет и там заглохла»¹⁴.

Нападения осуществлялись не только на территории НКАО, но и на разных участках административной границы между Азербайджанской и Армянской ССР. В конце 1989 г. в Армении была создана Армянская национальная армия (АНА) под командованием Размика Василяна. АНА насчитывала несколько сотен человек, и её отряды совершали нападения на азербайджанские сёла, расположенные в приграничной зоне.

Так, 26 марта 1990 г. вооружённые отряды с территории Армянской ССР совершили нападение на азербайджанское село Баганис-Айрум Казахского района. В ходе нападения были убиты 11 мирных жителей и несколько сотрудников милиции. 19 августа в 7:45 утра около азербайджанского села Ашагы Аскипара Газахского района боевики напали на автобус, в котором находились гражданские лица и сотрудники милиции. В результате один милиционер погиб, две женщины были ранены, двое боевиков убиты. Прибывшие военнослужащие внутренних войск отбили нападение.

Несколько часов спустя отряды Армянской национальной армии подвергли обстрелу приграничные азербайджанские сёла Юхары Аскипара, Баганис-Айрум, Ашагы Аскипара и Гушчу. Согласно свидетельствам очевидцев, при обстреле применялось не только автоматическое оружие, но и гранатомёты, миномёты, градобойные орудия и даже ракеты типа «земля – земля». Первые часы военнослужащие успешно отражали нападение. Затем четыре вертолёта доставили из Еревана дополнительные подразделения боевиков, в результате чего им удалось захватить сёла Юхары Аскипара и Баганис-Айрум. 20 августа к месту боевых действий были подтянуты дополнительные воинские подразделения, танки, зенитные установки и боевые вертолёты. В район боёв прибыл командующий внутренними войсками МВД СССР – генерал-майор Юрий Шаталин. С помощью ракетных ударов с вертолёта были уничтожены огневые точки боевиков. В течение дня были освобождены оба села, а боевики скрылись на территории Армянской ССР. По данным МВД СССР, в результате этих вооружённых действий армянских боевиков на территории Казахского района Армении погиб старший лейтенант внутренних войск Александр Липатов и двое сотрудников милиции, ранено 9 военнослужащих и 13 местных жителей. Согласно сообщениям армянской прессы, потери боевиков, предположительно, составили 5 человек убитыми и 25 ранеными.¹⁵

Для обеспечения безопасности населения приграничных районов на территории всех районов Азербайджанской ССР, граничащих с Армянской ССР, было введено чрезвычайное положение. На границе Азербайджанской и Армянской ССР были развёрнуты два мотострелковых полка СА (368 МСП 23 МСД и 135 МСП 295 МСД), силами которых были организованы заставы вдоль границы.

Для борьбы с армянскими вооружёнными формированиями были привлечены подразделения 22 ОБрСпН ГРУ. Весной 1990 г. подразделения бригады использовались в Казахском районе Азербайджана, на границе с Арменией. Штаб бригады, батальон связи и 173 ооСпН разместились на военном аэродроме г. Гянджи. Третий батальон – в Газахе. Перед бригадой была поставлена задача по выявлению и уничтожению градобойных орудий, которые армяне использовали для обстрела азербайджанских сёл.

Осенью 1990 г. оперативная группа бригады была переброшена в район аэродрома Акстафы на армяно-азербайджанской границе, где в течение нескольких месяцев выполняла боевые задачи по выявлению и уничтожению вооружённых формирований, терроризирующих местное азербайджанское население. Проводились мероприятия по уничтожению батарей градобойных орудий, расположенных на территории Армении, из которых постоянно велись обстрелы приграничных населённых пунктов.

Так, в период с апреля по июнь 1990 г. и с мая по июль 1991 г. 173 ооСпН 22 ОБрСпН, действуя на территории Армении в районе населённого пункта Ноемберян и Шаваршаван, уничтожил 19 градобойных орудий, из которых обстреливались населённые пункты на территории Азербайджана.¹⁶

Одновременно в самой НКАО было введено чрезвычайное положение. В область прибыли дополнительные подразделения ВВ МВД СССР. Перед ними стояли следующие задачи: охрана населённых пунктов и мирного населения; сопровождение колонн под боевым охранением; поиск, обнаружение и разоружение незаконных вооружённых формирований; изъятие оружия, находящегося в незаконном обороте, и т. д.

Руководство Азербайджанской ССР также принимало меры по обеспечению безопасности населения республики. Но возможности были весьма ограниченными. Во-первых, и армия, и внутренние войска находились в подчинении союзных органов власти. Во-вторых, в конце января 1990 г. приказом министра МВД СССР В. Бакатина было полностью разоружено МВД Азербайджанской ССР. Всё вооружение было изъято, за исключением табельных пистолетов Макарова. Для организации безопасности жителей азербайджанских сёл руководство МВД и КГБ Азербайджанской ССР приступило к практике командирования работников из центрального аппарата или из районных подразделений в азербайджанские сёла, подвергавшиеся нападениям или обстрелам армянских вооружённых формирований. В мае 1990 г. был создан ОМОН МВД Азербайджанской ССР, в который были зачислены около 300 человек. Первый состав азербайджанского ОМОНа был набран в основном из сотрудников МВД, бывших афганцев и молодёжи, прошедшей армию. Так как МВД Азербайджанской ССР было разоружено, по решению председателя КГБ Азербайджанской ССР генерал-майора Вагифа Гусейнова для ОМОНа было передано из арсеналов КГБ Азербайджанской ССР несколько сотен единиц автоматического оружия, пулемётов, миномётов, тысячи единиц боеприпасов.¹⁷ Этот факт не остался незамеченным в аппарате ЦК КПСС и вызвал негодование на Старой площади, где поддержку Армении даже трудно было скрыть. Однако руководство союзного КГБ ограничилось лишь тем, что возложило ответственность за это решение на КГБ Азербайджана. К сентябрю формирование ОМОН МВД Азербайджанской ССР было завершено, и подразделение приступило к выполнению служебно-боевых задач в НКАО и приграничных с Армянской ССР районах. Первым командиром ОМОНа стал полковник Абил Рзаев. Подразделения ОМОНа на постоянной основе стали базироваться в пос. Ходжалы, в Шушинском и Лачинском районах.

Также в составе КГБ Азербайджанской ССР был создан спецназ – группа «А». Укомплектован он был молодыми, крепкими офицерами, с хорошей спортивной подготовкой. Первоначальную подготовку бойцы группы «А» проходили на базе спецназа КГБ СССР в г. Балашихе Московской области. Группу «А» КГБ Азербайджанской ССР возглавил Риад Ахмедов.

ОМОН МВД Азербайджанской ССР и группа «А» КГБ Азербайджанской ССР фактически стали первыми боевыми подразделениями Азербайджана. Огромная личная заслуга в этом принадлежит председателю КГБ Азербайджанской ССР, генерал-майору Вагифу Гусейнову, и министру внутренних дел – генерал-майору Магомеду Асадову.

В 1990–1991 гг. численность Агдамского РОВД была увеличена на 200 человек, в мае-августе 1990 г. штат МВД Нахичеванской АССР был увеличен в два раза, численность Шушинского РОВД была увеличена на 95 единиц, в азербайджанские сёла НКАО направлено 80 сотрудников милиции из других регионов. По согласованию с МО СССР 25 процентов призывников призыва осени 1990 года были оставлены для прохождения службы в воинских частях на территории Азербайджанской ССР. Было принято решение не направлять призывников из Азербайджанской ССР для прохождения службы на Дальний Восток, в Забайкалье, Сибирь, Тихий океан и на Северный флот. Всего в 1990 году 9698 призывников были направлены для прохождения службы в воинские части на территории Азербайджана. По решению Совета министров Азербайджана, начиная с весеннего призыва 1991 года, 50 процентов призывников должны были оставаться на территории Азербайджана. Но МО СССР не согласилось с этим решением под предлогом, что увеличение численности азербайджанцев, проходящих военную службу на территории Азербайджана, может привести к увеличению конфликтов на межнациональной почве.

В начале 1990 года в Азербайджанской и Армянской ССР сменилось руководство. После событий в январе 1990 г. первым секретарём ЦК КП Азербайджана был избран Аяз Муталибов. В мае 1990 года он был также избран президентом Азербайджанской ССР. В сентябре в Азербайджанской ССР прошли парламентские выборы, на которых почти 85 % мест в Верховном Совете получили представители компартии.

В 1990 году в Армянской ССР к власти пришли представители национального движения. Уже в начале года четверо представителей Армянского общенационального движения (АОД) были включены в состав президиума Верховного Совета республики. 20 мая 1990 г. состоялись выборы, на которых АОД одержало победу. Левон Тер-Петросян занял пост председателя Верховного Совета Армянской ССР, его соратник, Вазген Манукян, возглавил правительство.

После прихода к власти руководство АОД приняло решение прекратить деятельность в республике неподконтрольных ему вооружённых группировок. Эти группировки, сформированные под лозунгом «поддержки армян Карабаха», для пополнения запасов оружия многократно нападали на дислоцированные в Армении воинские части Советской армии, разворовывали оружие и боеприпасы. В августе произошли столкновения между представителями АОД и крупнейшей вооружённой группировки – Армянской национальной армии. 29 августа члены правящей партии пришли к штаб-квартире АНА для переговоров, но попали под обстрел. В результате двое (в том числе депутат Верховного Совета Армянской ССР) были убиты. После того как погибли ещё несколько аодовцев, их соратники (АОД имело собственное боевое крыло, которое после прихода партии к власти постепенно интегрировалось в легальные силовые структуры) захватили несколько заложников из числа активистов АНА.

В ночь на 30 августа между руководством АНА и АОД состоялись переговоры. На следующий день командующий АНА Размик Василян и его заместитель выступили по ТВ с обращением к своим соратникам. Они заявили, что подразделения АНА распускаются, а имеющееся оружие будет сдано властям. Желающим была предоставлена возможность перейти в состав воинских подразделений, подчинённых новому руководству Армянской ССР.

Придя к власти и укрепив свои позиции, руководство Армении во главе с Левоном Тер-Петросяном начало проводить активный курс на выход Армянской ССР из состава СССР. 23 августа 1990 г. Верховный Совет Армянской ССР принял Декларацию о независимости Армении. Было объявлено, что Республика Армения – суверенное государство, наделённое независимостью. На территории республики прекращалось действие Конституции СССР и законов СССР, был инициирован процесс выхода из состава Советского Союза. Армения также заявила о правах на свою долю вооружений СССР. Примечательно, что в Декларации о независимости Армении содержалась ссылка на решение Верховного Совета Армянской ССР от 1 декабря 1989 г. о «воссоединении» Армянской ССР и Нагорного Карабаха. Таким образом, в Декларации вновь легитимизировалось вхождение НКАО в состав Армянской ССР и провозглашался выход этой территории Азербайджана из состава СССР уже как части Армянской ССР.

1 марта 1991 г. власти Армении отказались от участия в референдуме о сохранении и обновлении СССР и приняли решение о проведении 21 сентября 1991 г. референдума о независимости. Во всесоюзном референдуме 17 марта 1991 г. Армения не участвовала. В апреле 1991 г. руководство Армении отказалось и от участия в Новоогарёвском процессе по разработке нового союзного договора. Эти действия резко обострили отношения между правящей элитой Армении и Кремлём. В то же время руководство Азербайджана не ставило вопрос о выходе из состава СССР, республика приняла участие во всесоюзном референдуме, а Аяз Муталибов оставался среди участников Новоогарёвского процесса.

В Азербайджане воспользовались складывающимися обстоятельствами для решения важных вопросов обеспечения безопасности республики. Умело используя осложнение отношений между Ереваном и Москвой и проводя активную работу с силовым крылом в руководстве СССР, руководство Азербайджана добилось согласия Москвы на проведение на территории НКАО и прилегающих районов более активных и масштабных специальных операций по разоружению незаконных вооружённых формирований. Это стало результатом активной и эффективной лоббистской работы второго секретаря ЦК КП Азербайджана Виктора Поляничко, председателя КГБ Азербайджана, генерал-майора Вагифа Гусейнова, и президента Азербайджана Аяза Муталибова. Активная поддержка в этом вопросе была оказана министром внутренних дел СССР – генерал-полковником Борисом Карловичем Пуго, командующим ВВ МВД СССР, генерал-полковником Юрием Васильевичем Шаталиным, и главнокомандующим войсками Южного направления – генералом армии Николаем Ивановичем Поповым.

Вот как описывает события, предшествовавшие операции, президент А. Муталибов: «17 марта 1991 года референдум прошёл. В Азербайджане народ высказался в пользу сохранения СССР. Это дало республике политический козырь в борьбе за нормализацию обстановки в НКАО. Сразу же после референдума мы вновь поднимаем перед руководством страны вопрос об ужесточении режима чрезвычайного положения в Нагорном Карабахе, имея в виду, в первую очередь, разоружение боевых формирований на территории автономии и в прилегающем Шаумяновском районе. Моя задача сводилась к тому, чтобы убедить президента страны и его ближайшее окружение в недопустимости дальнейших проволочек в этом вопросе. В марте-апреле 1991 года состоялась серия моих встреч, как говорится, на высшем уровне, на которых я решительно требовал исполнения указа президента страны о разоружении незаконных вооружённых формирований. Участие Азербайджана во всесоюзном референдуме и положительный итог давали нам право занять наступательную позицию. Искал любой повод для встречи с М. Горбачёвым и всякий раз настырно убеждал его довести до исполнения собственное решение. Однажды я так и сказал ему, что азербайджанский народ высказался за Союз в надежде на то, что власти страны помогут ему обрести покой, и если этого не произойдёт, то может случиться так, что Азербайджан пересмотрит своё отношение к СССР. Поэтому не следует его лишать надежды на помощь, равно как не следует думать, что в республике все одинаково относятся к сохранению единого государства. И сознательно сделал ссылку на Армению, да к тому же подчеркнул Горбачёву, что он, видимо, не видит разницы в позициях двух республик. После моих слов Михаил Сергеевич дал-таки по телефону поручение руководителям силовых структур подготовить необходимые для реализации указы президента».¹⁸