В 1996 г. при очередном формировании структуры органов федеральной исполнительной власти решением Президента РФ Министерство охраны окружающей среды и природных ресурсов было упразднено. Вместо него был создан Государственный комитет РФ по охране окружающей среды, упраздненный, как говорилось выше, указом Президента РФ в 2000 г.
В соответствии с Указом Президента РФ от 12 мая 2008 г. № 724 «Вопросы системы и структуры федеральных органов исполнительной власти» (в ред. указа Президента РФ от 31 декабря 2008 г. № 1883) в настоящее время специально уполномоченными федеральными органами исполнительной власти в данной сфере являются:
Министерство природных ресурсов и экологии РФ;
Федеральная служба по экологическому, технологическому и атомному надзору;
Федеральная служба по гидрометеорологии и мониторингу окружающей среды;
Федеральная служба по надзору в сфере природопользования;
Федеральное агентство водных ресурсов;
Федеральное агентство по недропользованию;
Министерство сельского хозяйства РФ;