2000 год. 12 марта в ходе воскресной мессы в соборе Святого Петра Папа просит прощения и признает вину Церкви за грехи – преследование евреев, церковные расколы и религиозные войны, крестовые походы и оправдание войн из-за богословских догматов, презрение к меньшинствам и бедным, оправдание рабства – и совершает покаяние (mea culpa) за грехи сынов Церкви.