Декарт дуже цікавився анатомією та психологією і вважав, що душа міститься у крихітній ділянці мозку, яку медики називають епіфізом, або шишкоподібною залозою – в епіфізі, мовляв, виникають думки, там джерело свободи волі.
Декарт, захищаючи ідею свободи волі, стверджував, що людський розум і фізичний світ – це різні речі й розум не підлягає законам природи. На його думку, людина складається з двох сутностей – душі й тіла. Тіло – це просто механізм, а от душа не підпорядковується науковим законам.