В Президиум БиГ избрали А. Изетбеговича (ПДД) – 511 541 голосов (86,8 %), Анте Елавича (ХДС БиГ) – 189 438 (52,91), Живко Радишича (Слога – коалиция Сербского национального союза РС, Социалистической партии РС и Союза независимых социал-демократов) – 359 937 голосов (51,31 %). В результате упорных усилий УВП кандидат СДП М. Краишник потерпел поражение – 314 236 голосов (44,76 %).

В Палате представителей Скупщины БиГ бошняцкая Коалиция за единую и демократическую Боснию (ПДД, Партия за БиГ, Либералы и Гражданско-демократический союз БиГ) набрала 583 945 голосов и 17 мандатов, ХДС БиГ – 200 092 и 7, коалиция Слога – 214 716 и 4, СДП БиГ – 159 876 и 4, СДП – 162 721 и 4, Социал-демократы БиГ – 28 740 и 2, СРП РС – 118 522 и 1, Новая хорватская инициатива (НХИ) – 28 572 и 1, Радикальная партия РС (РП РС) – 27 686 и 1 соответственно.

В Палату представителей Скупщины ФБиГ из 89 мест бошняцкая Коалиция получила 456 458 голосов и 68 мандатов, ХДС БиГ – 184 569 и 28, СДП БиГ – 126 635 и 19, Социал-демократы БиГ – 29 427 и 6, НХИ – 27 435 голосов (4 мандата). 3 места достались Демократическому народному сообществу, по 2 – Боснийско-герцеговинской патриотической партии (БГПП), Хорватской партии права БиГ, Партии пенсионеров БиГ, СП РС, по 1 месту – Боснийской партии, Коалиции Центра, Боснийской партии права и Хорватской крестьянской партии БиГ.

Президентом РС был избран лидер СРП РС Никола Поплашен, кандидат от коалиции СДП и СРП РС – 322 684 голоса (43,9 %), а кандидат коалиции Слога Б. Плавшич выборы проиграла – 286 606 голосов (39 %).

В Скупщине РС СДП получила 160 370 голосов (21,7 %) и 19 мандатов, бошняцкая Коалиция – 125 546 (17) и 15, СРП РС – 97 244 (13,1) и 11, СНС РС – 95 817 (12,9) и 12, СП РС – 79 179 (10,7) и 10, СНСД – 53 802 (7,3) и 6, РП РС – 27 119 голосов (3,7 %) и 3 мандата. 2 места заняли Сербская коалиция за РС и СДП БиГ, по 1 – НХИ, ХДС БиГ, и группа За короля и отечество.

Успех бошняцкой коалиции не способствовал ее сплочению. Выборы 1998 г. были отмечены мощным давлением УВП и других международных структур, приведшим к постепенной эрозии позиций СДП, не рискнувшей выдвинуть собственного кандидата на пост главы РС.

Серьезный ущерб позициям РС был нанесен вследствие агрессии НАТО против СРЮ в марте-июне 1999 г., так как с этого момента республика потеряла своего ключевого союзника в регионе и оказалась практически беззащитной перед давлением Запада. В марте 1999 г. международный арбитраж, который должен был определить линию разграничения в районе г. Брчко, через который проходила горловина коридора, соединяющего восток и запад республики, произвольно изменил свой мандат и постановил выделить Брчко в особый округ, неподконтрольный ни РС ни ФБиГ. Одновременно ВП К. Вестендорп своим указом отправил в отставку президента РС Н. Поплашена (СРП). До сентября 1999 г. Поплашен отказывался покинуть свой пост, который затем перешел вице-президенту Мирко Шаровичу (СДП).

С конца 1999 г. влияние ВП в БиГ входит в свой апогей, продолжавшийся до 2005 г. Австриец Вольфганг Петрич (1999–2002) подготовил и провел конституционную реформу БиГ и ее автономий, добиваясь этого как своими указами, так и неформальным давлением на боснийских политиков, обеспечивая принятие органами власти автономий и БиГ разработанных им актов. Реформы Петрича обеспечили создание Совета министров БиГ, расширение его полномочий за счет передачи их из ведения автономий, создание ряда ведомств центрального подчинения, передачу под контроль Сараево косвенных налогов, что впервые дало центральным органам собственный источник бюджетных поступлений. В конституциях автономий было введено единое их определение как республик всех трех боснийских общин (вместо сербской и бошняцко-хорватской соответственно), существенно расширено представительство других общин и их возможность ветирования через механизм защиты «жизненного национального интереса». Относительно РС это означало создание правового механизма недопущения возможного выхода республики из состава БиГ посредством референдума.

В. Петричу удалось также добиться серьезного прогресса в деле возвращения беженцев и перемещенных лиц, преодолев сопротивление властей ФБиГ и РС посредством Плана реализации законов о возврате собственности (октябрь 1999 г.). На конец 2005 г. общее число лиц, вернувших себе довоенное жилье достигло 884 163 чел. Однако в реальности процесс возврата прав собственности во многом заместил собой собственно возвращение беженцев на постоянное жительство в места довоенного проживания. В условиях послевоенной разрухи большинство возвращенцев предпочитали либо получить финансовую компенсацию утраченной собственности, либо, восстановив свои права на нее, тут же продать ее и поселиться на территории «своей» автономии, ощущая там себя в большей безопасности и рассчитывая на лучшую жизненную перспективу. По схожим мотивам (отсутствие экономической перспективы в БиГ) значительная часть боснийских беженцев в странах ЕС также предпочла закрепиться на новом месте, что привело к формированию заметных общин бошняков в Австрии, Германии и других странах ЕС.

Наибольшего успеха в деле возвращения беженцев на территорию РС УВП добился в регионах Приедора (Козарац), Сребреницы и Фочи, однако и с их учетом, по неофициальным результатам переписи 2013 г., бошняки составили лишь 13 % населения РС, а хорваты – 2,5 %.

В борьбе против национальных партий УВП использовал различные методы – от поддержки «гражданских» (т. е. ненациональных) партий, создания и субсидирования НПО, новых СМИ до давления на национальные партии, отстранения от должностей их лидеров и функционеров, вмешательства в редакционную политику СМИ, недопущения партий к выборам, ограничение их финансирования и разгром спонсорской базы. Важным инструментом до сих пор остаются избирательные технологии, в первую очередь, «удаленное голосование», дающее возможность голосовать бывшим беженцам, осевшим в других странах.

Политика создания «новых лидеров» до сих пор не приносила международным структурам прорывных результатов. Наиболее ярким ее провалом стало продвижение в качестве альтернативы «национальной» СДП М. Додика и его партии СНСД. Придя к власти благодаря неограниченной поддержке США и их партнеров, Додик вместо послушного исполнения пожеланий своих патронов предпочел сохранить институты РС в качестве своей политической опоры.

Основным объектом давления УВП являлись сербские партии, в первую очередь, СДП, но в 2001 г. под удар попала и ХДС БиГ. В апреле 2001 г. солдаты СФОР заняли помещение «Херцеговачке банке», через которую проходили финансовые операции ХДС; активы были заморожены, и УВП назначил в банк внешнего управляющего.

8 апреля 2000 г. в БиГ состоялись четвертые (внеочередные) общие выборы, на которых избирались Палата представителей Скупщины БиГ, Палата представителей Скупщины ФБиГ, скупщины кантонов ФБиГ, президент РС и Скупщина РС. В отличие от остальных общих выборов, выборы Президиума БиГ в этот раз не проводились.

На выборах Палаты представителей Скупщины БиГ проголосовали 1 616 313 избирателей. ПДД получила 279 548 голосов (17,2 %) и 8 мандатов, СДП БиГ набрала 268 270 (16,6) и 9, СДП – 248 579 (15,3) и 6, Пза БиГ – 168 995 (10,5) – 5, ХДС БиГ – 166 667 (11,2) и 5, ПДП – 95 245 голосов (5,9 %) и 2 мандата. По 1 мандату получили: ДНС БиГ, НХИ, Демократическая партия пенсионеров, БГПП, СНСД, СП РС, и СНС Б. Плавшич.

На голосовании в Палату представителей Скупщины ФБиГ ПДД получила 232 674 бюллетеня и 38 мест из 89, СДП БиГ – 226 440 и 37, ХДС БиГ – 151 812 и 25, ПзаБиГ – 128 833 и 21, ДНС БиГ – 17 999 и 3 соответственно. ДНС БиГ, БГПП, Боснийская партия, НХИ, Партия пенсионеров получили по 2 мандата.

Президентом РС на волне недовольства сербов смещением Н. Поплашена стал кандидат СДП Мирко Шарович – 313 277 голосов (50,2 %), кандидат СНСД М. Додик набрал вдвое меньше – 161 619 (25,9 %).

На выборах Скупщины РС успеха также добилась СДП, получившая 226 226 голосов (36,1 %) и 31 мандат, СНСД – 81 467 (13) и 11, ПДП – 76 810 (12,3) и 11, ПДД, 47 379 (7,6) и 6, Пза БиГ – 32 450 голосов (5,2 %) и 4 мандата. 4 места заняли также СДП БиГ, Демократическая социалистическая партия, СП РС, 3 – Демократический народный союз, 2 – СНС РС Б. Плавшич и 1 – Пенсионеры РС НХИ и Демократическая партия.

Выборы в РС зафиксировали закат политической карьеры экс-президента республики Б. Плавшич, чья партия (СНС) едва смогла пройти в Скупщины БиГ и РС. Дав мощный импульс политическим карьерам М. Додика, М. Иванича и Ж. Радишича, сама «железная леди» боснийских сербов оказалась отвергнута сербским избирателем.

Такая раздробленность политического спектра позволила ВП В. Петричу попробовать сформировать ненациональную коалицию на уровне БиГ. «Альянс перемен», образованный вокруг социал-демократов Златко Лагумджии при участии ПДП М. Иванича и 7 более мелких партий, руководил Боснией до начала 2002 г. Однако коалиция оказалась непрочной, а главный удар нанес ей скандал вокруг высылки из БиГ арабских джихадистов, осевших в республике после войны. В контексте глобальной войны с террором З. Лагумджия решил избавиться от сомнительных радикалов, что вызвало недовольство консервативных мусульман.

Президентом РС стал М. Шарович (СДП), подписавший в марте 2001 г. договор о специальных связях и параллельных отношениях РС с СРЮ.

Пятые всеобщие выборы в БиГ (5 октября 2002 г.) продемонстрировали тенденции возвращения национальных партий. В Президиум БиГ прошли кандидаты ПДД (Сулейман Тихич), СДП (М. Шарович) и ХДС (Драган Чович), опередившие представителей «новых партий». Голосование в Скупщину БиГ дало ПДД 19 % голосов, ПзаБиГ – 9,4, ХДС – 9,3 %, тогда как социал-демократы потеряли почти 6 %, получив лишь 9,1 %. СДП набрала 14 %, СНСД М. Додика сделал рывок вперед с 9,3 %, а ПДП, напротив, потеряла часть сторонников, завоевав 4,3 %. На уровне подтвердила свое лидерство РС СДП, кандидат которой Драган Чавич набрал 36 % и стал президентом, заметно опередив представителя СНСД Милана Елича (22 %), тогда как Драгана Микеревича (ПДП) поддержали около 8 %. Выборы в Народную Скупщину РС дали СДП 31 %, на второе место вышел СНСД с 22 %, на третье – ПДП с 11 %, за ними следовали: ПДД – 7, Сербская радикальная партия – 5, социалисты – 4, Демократический народный союз (партия мэра г. Приедор М. Ракича) – 4, Пза БиГ – 3,6, социал-демократы – 3, Партия пенсионеров – 2, Союз национального возрождения – 1,2, Сербский народный союз (партия Б. Плавшич) – 1, Демократически-патриотическая партия – 0,93, Демократическая партия – 0,85 и Новая хорватская инициатива – 0,6 %.

Неудачником этих выборов стал «Альянс перемен», потерявший власть на всех уровнях. В Федерации БиГ лидерство перешло к ПДД, кандидат которой С. Тихич получил место бошняцкого члена Президиума БиГ.

Успех «националов» не привел, однако, к заметным политическим переменам. Напротив, стало очевидно, что «националисты» могут быть ничуть не менее управляемы, нежели их «гражданские» конкуренты. К тому же, их руками можно было добиться еще большего за счет доверия к ним избирателей.

В 2002–2005 гг. должность ВП занимал британец Роберт «Пэдди» Эшдаун, получивший славу самого эффективного Высокого представителя (с 2002 г. он одновременно являлся Спецпредставителем ЕС в БиГ в рамках общего процесса передачи контроля над боснийским урегулированием ЕС). Хотя после теракта 11 сентября Босния окончательно выпала из списка приоритетов США и их партнеров, что отразилось на сокращении ресурсов ВП (так, в 2002 г. его аппарат насчитывал более 800 чиновников), Эшдаун предпринял решительную попытку завершить процесс урегулирования посредством окончательной централизации БиГ. Он определил приоритетом страны интеграцию в ЕС и НАТО. Евроатлантическая интеграция стала рычагом публичного давления на боснийских политиков в пользу проведения предписанных ВП реформ.

Наряду с публичным давлением и широким использованием боннских полномочий П. Эшдаун и его сотрудники активно применяли закулисное давление на боснийских политиков, в первую очередь, на сербских. Основным инструментом такого давления стала угроза преследования со стороны МТБЮ.

В 1996–2005 гг. Трибунал являлся эффективным инструментом политического давления против самостоятельных политиков, особенно благодаря институту «закрытых обвинений». С момента Дейтона международные структуры неустанно стремились фрагментировать сербское руководство, искусно пользуясь любыми внутренними трениями и конфликтами.

Еще в 2000 г. по «закрытому» обвинению был арестован ближайший соратник Р. Караджича Момчило Краишник (в 1990–1992 гг. – председатель Скупщины БиГ, в 1992–1995 гг. – председатель Скупщины РС, в 1996–1998 гг. – член Президиума БиГ), в 2001 г. в Гаагу прибыла Б. Плавшич (президент РС в 1996–1998 гг.). В ходе процесса Б. Плавшич пошла на сделку с Трибуналом, признала вину в этнических чистках несербского населения и дала показания против М. Краишника. В 2005 г. экс-президента приговорили к 11 годам заключения, а в 2009 г. освободили. М. Краишник был осужден в 2006 г. на 20 лет тюремного заключения, но в 2013 г. его освободили за отбытием 2/3 срока заключения. Всего МТБЮ выдвинул обвинения против 161 чел., 80 из которых – боснийские сербы: от высших военных и политических руководителей (в Гааге оказались все лидеры СДП – Р. Караджич, М. Краишник, Б. Плавшич, генералитет армии РС – Р. Младич, М. Талич, С. Галич, Д. Милошевич, З. Толимир, М. Гверо, Р. Крстич) до муниципальных чиновников и рядовых солдат. Во всех этих делах Трибунал исходит из тезиса о «совместном преступном умысле» обвиняемых создать сербское государство в БиГ путем захвата территорий и изгнания и/или уничтожения несербского населения. Логика обвинения также строится на принципе командной ответственности, который позволяет возлагать на командиров и/или руководителей вину за преступления, совершенные их подчиненными. В Гааге оказался также ряд хорватских лидеров (руководители структур Херцег-Босны во главе с Ядранко Прличем и командиром отрядов Хорватского совета обороны Анте Росо), осужденных за преступления против бошняков в ходе конфликта 1993–1994 гг. в Средней Боснии. Менее всего в МТБЮ были представлены бошняки, в том числе экс-командующий армией БиГ генерал Расим Делич (осужден на 3 года, умер в тюрьме), генералы М. Алагич, С. Халилович, Э. Хаджихасанович и несколько лиц низшего звена. В 2008 г. возмущение в Сербии и РС вызвало оправдание Н. Орича, обвинявшегося в массовых убийствах сербского населения в районе Сребреницы и Братунца.

Политическое значение МТБЮ в БиГ основывалось как на формировании правовой базы возможного пересмотра Дейтонских соглашений, так и на самой возможности произвольного обвинения против любого лица, участвовавшего в гражданской войне. Также огромное значение имел сам процесс охоты на «обвиненных Гаагой». Главными его мишенями стали Р. Караджич и Р. Младич, розыски которых давали УВП и СФОР предлог снимать с должностей чиновников, полицейских и военных за «возможное содействие» беглецам, налагать санкции на фирмы и организации, заподозренные в их финансировании, ограничении прав и свобод их родных и знакомых. Свою действенность «охота» потеряла с арестом в Сербии Р. Караджича в 2008 г. и Р. Младича в 2011 г.

Свои должности вынуждены были покинуть президенты Караджич (1996 г.) и Никола Поплашен (1999 г.), под давлением П. Эшдауна ушел в отставку президент Мирко Шарович (2003 г.). Около 200 республиканских военных, полицейских, партийных функционеров, директоров государственных компаний были сняты с работы, их счета подверглись заморозке, им запретили выезд из БиГ.

Изначальная политическая система РС, созданная на основе СДП и тесно связанная с Сербией была разрушена к середине первого десятилетия ХХI в. Финансовые каналы, инфраструктура СМИ были полностью изменены, а сам центр республики переместился в Баня Луку, т. е. в совершенно другую социально-политическую среду по сравнению с Сараево и Пале. Фактически два поколения руководства СДП как республиканского, так и локального уровней подверглись политической маргинализации и были вытеснены из политической жизни.

П. Эшдауну удалось окончательно сломить сопротивление СДП весной 2003 г., после захвата силами ЕУФОР 410 разведотдела армии РС. Руководство РС обвинили в контрабанде оружия в Ирак, президент РС М. Шарович подал в отставку. Его сменил Борислав Паравац (СДП). Деморализованные лидеры СДП и ее депутаты более не рисковали противоречить агрессивному ВП Эшдауну и покорно исполняли его указания. Парламент РС и сербские депутаты в Скупщине БиГ поддержали в 2003 г. пакет законов о военной реформе, упразднивший армии автономий и создавший центральное министерство обороны и общебоснийскую армию (с 2005 г.). Важным успехом Эшдауна стало официальное признание властями РС своей ответственности за массовые убийства в Сребренице в 2004 г. В 2005 г. Эшдаун инициировал новый пакет реформ, главной из которых должна была стать реформа полиции – создание общебоснийского МВД с ликвидацией МВД автономий и передачей их полномочий в центр. Речь шла о завершении демонтажа автономий и формировании централизованного боснийского государства, в котором и РС и ФБиГ превращались в практически безвластные структуры.