Со временем представителям клана Ямато стало трудно обеспечивать централизованное управление страной, и они начали передавать военные, административные и налоговые функции бывшим соперникам, которые превратились в региональных губернаторов. По мере того как клан Ямато и императорский двор слабели, правители на местах набирали силу. Со временем некоторые из них получили статус даймё — феодальных князей, управлявших своими вотчинами независимо от центрального правительства. В 1185 году князь Минамото но Ёритомо, губернатор восточных провинций и дальний отпрыск императорского рода, установил в стране режим военной диктатуры. Этой датой ознаменовалось вступление Японии в период феодализма (1185—1867). Основанный Ёритомо тип правления получил название сёгунат и просуществовал в Японии почти 700 лет.