Один из основных лейтмотивов «Проекта Атман» состоял в том, что если развитие оказывается в какой-то момент абортировано, тогда вместо дифференциации формируется диссоциация, а вместо трансценденции – вытеснение. Более высокая стадия не трансцендирует и не включает более низкую: она диссоциирует и вытесняет ее (или ее аспекты). Диссоциированный, или отчужденный, компонент – теперь отрезанный от сознательной включенности в продолжающееся развитие и структурализацию – посылает вверх тревожные сигналы в форме патологических симптомов и символов. В таких случаях, как показал Фрейд, психотерапия включает, в некотором смысле, реинтеграцию отчужденных аспектов – вспоминание и вовлечение компонентов, которые ранее были забыты и невовлечены.