К моменту обрушения первого купола храма архитектора Исидора уже не было в живых, и задача восстановить разрушенный купол была поставлена перед его племянником Исидором Младшим. Он построил купол более высокий, чем прежний, и этот второй купол украшает храм Святой Софии и сегодня. Исидор Младший «…и другие техники, рассмотрев сами прежнюю форму и сличив с сохранившимся и поврежденным и изучив, каково было (повреждение) и в чем причина падения…»[77], изменили форму купола. Этот купол получился чрезвычайно надежным и величественным. Восстановительные работы осуществлялись четыре года. В 562 году работы были завершены, и 24 декабря (старого стиля), накануне Рождества Христова, во второй раз, храм был торжественно освящен Константинопольским патриархом Евтихием.