Это не значит, что Иоанн открыто выступал против чего-либо принятого в теологии; но он отстаивал мнение, что философия является равным или даже высшим авторитетом, независимым от откровения. Иоанн настаивал, что разум и откровение – это два источника истины и потому не могут противоречить друг другу; но если иной раз они по видимости противоречат друг другу, то предпочтение должно быть отдано разуму. Истинная религия, заявляет Иоанн, является и истинной философией; но и обратно – истинная философия является и истинной религией.