После середины 19 века экономика была основана на выращивании кофе. По мере того, как мировой рынок индиго увядал, экономика процветала или страдала, поскольку мировые цены на кофе колебались. Огромные прибыли, которые кофе приносил как экспорт монокультуры, послужили толчком к концентрации земли в руках олигархии всего лишь нескольких семей.

На протяжении последней половины 19-го века череда президентов из рядов сальвадорской олигархии, номинально как консервативных, так и либеральных, в целом соглашалась на продвижение кофе как преобладающей товарной культуры развитие инфраструктуры (железных дорог и портовых сооружений) в первую очередь для поддержки торговли кофе, ликвидация общинного землевладения для содействия дальнейшему производству кофе, принятие законов о борьбе с бродяжничеством для обеспечения того, чтобы перемещенные кампесино и другие сельские жители обеспечивали достаточную рабочую силу для кофейных финков (плантаций), а также подавление недовольство сельских жителей. В 1912 году национальная гвардия была создана как сельская полиция.

В 1898 году генерал Томас Регаладо силой захватил власть, свергнув Рафаэля Антонио Гутьерреса и правя в качестве президента до 1903 года. Вступив в должность, он возродил практику назначения президентами своих преемников. После отбытия срока он оставался активным в армии Сальвадора и был убит 11 июля 1906 года в Эль-Джикаро во время войны против Гватемалы. До 1913 года Сальвадор был политически стабильным, с подводными течениями народного недовольства. Когда в 1913 году был убит президент Мануэль Энрике Араухо, было выдвинуто много гипотез о политическом мотиве его убийства.

За администрацией Араухо последовала династия Мелендес-Хинонес, просуществовавшая с 1913 по 1927 год. Пио Ромеро Боске, бывший министр правительства и доверенный сотрудник династии, сменил президента Хорхе Мелендеса и в 1930 году объявил о свободных выборах, на которых Артуро Араухо пришел к власти 1 марта 1931 года на первых в стране свободных выборах. Его правительство просуществовало всего девять месяцев, прежде чем оно было свергнуто младшими военными офицерами, которые обвинили его Лейбористскую партию в отсутствии политического и правительственного опыта и неэффективном использовании своих правительственных учреждений. Президент Араухо столкнулся с общим народным недовольством, так как народ ожидал экономических реформ и перераспределения земли. С первой недели его правления перед Национальным дворцом проходили демонстрации. Его вице-президентом и военным министром был генерал Мартинес.

В декабре 1931 года младшими офицерами во главе с Мартинесом был организован государственный переворот. Только Первый кавалерийский полк и Национальная полиция защищали президентство (Национальная полиция была на его зарплате), но позже той ночью, после нескольких часов боя, сильно превосходящие по численности защитники сдались повстанческим силам. Директорат, состоящий из офицеров, спрятался за темной фигурой богатый антикоммунистический банкир по имени Родольфо Дюк, а затем установил ярого фашиста Мартинеса президентом. Восстание, вероятно, было вызвано недовольством армии тем, что президент Араухо не получал зарплату в течение нескольких месяцев. Араухо покинул Национальный дворец и безуспешно пытался организовать силы для разгрома восстания.

Министр США в Сальвадоре встретился с Директоратом и позже признал правительство Мартинеса, которое согласилось провести президентские выборы. Он ушел в отставку за шесть месяцев до переизбрания, выиграв президентство в качестве единственного кандидата в избирательном бюллетене. Он правил с 1935 по 1939 год, затем с 1939 по 1943 год. Он начал четвертый срок в 1944 году, но ушел в отставку в мае после всеобщей забастовки. Мартинес сказал, что будет уважать конституцию, которая предусматривает, что он не может быть переизбран, но он отказался сдержать свое обещание.

С декабря 1931 года, года переворота, приведшего Мартинеса к власти, шло жестокое подавление сельского сопротивления. Наиболее заметным событием было восстание сальвадорских крестьян в феврале 1932года, первоначально возглавляемое Фарабундо Марти и Абель Куэнка, и студенты университета Альфонсо Луна и Марио Сапата, но эти лидеры были схвачены еще до планируемого восстания. Выжил только Куэнка, остальные повстанцы были убиты правительством. После захвата лидеров движения восстание вспыхнуло неорганизованно и под контролем толпы, что привело к правительственным репрессиям, которые позже были названы Резня, потому что десятки тысяч граждан погибли в последовавшем хаосе по приказу президента Мартинеса.

В нестабильном политическом климате предыдущих нескольких лет общественный деятель и революционный лидер Фарабундо Марти помог основать Коммунистическую партию Центральной Америки и возглавил коммунистическую альтернативу Красному Кресту под названием International Red Aid, выступая в качестве одного из ее представителей. Их цель состояла в том, чтобы помочь бедным и обездоленным сальвадорцам с помощью марксистско—ленинской идеологии (решительно отвергая сталинизм). В декабре 1930 года, в разгар экономической и социальной депрессии в стране, Марти был вновь изгнан из-за своей популярности среди бедняков страны и слухов о его предстоящем выдвижении на пост президента в следующем году. Как только Артуро Араухо был избран президентом в 1931 году, Марти вернулся в Сальвадор и вместе с Альфонсо Луной и Марио Сапатой начал движение, которое позже было усечено военными.

Они помогли начать партизанское восстание коренных фермеров. В ответ правительство убило более 30 000 человек на «мирной встрече» в 1932 году. Крестьянское восстание против Мартинеса было подавлено сальвадорскими военными через десять дней после его начала. Восстание под руководством коммунистов, вызванное падением цен на кофе, имело некоторый первоначальный успех, но вскоре утонуло в кровавой бане. Президент Мартинес, свергнувший избранное правительство всего несколько недель назад, приказал расстрелять побежденного Марти после поверхностного слушания.

Исторически сложилось так, что высокая плотность населения Сальвадора способствовала напряженности в отношениях с соседним Гондурасом, поскольку бедные землей сальвадорцы эмигрировали в менее густонаселенный Гондурас и обосновались как скваттеры на неиспользуемых или недостаточно используемых землях. Это явление стало основной причиной футбольной войны 1969 года между двумя странами. До 130 000 сальвадорцев были насильственно изгнаны или бежали из Гондураса.

Христианско-демократическая партия (PDC) и Партия национального примирения (PCN) были активны в сальвадорской политике с 1960 по 2011 год, когда они были распущены Верховным судом, потому что им не удалось набрать достаточное количество голосов на президентских выборах 2004 года. С тех пор обе партии были восстановлены. У них общие идеалы, но один представляет средний класс, а второй – интересы сальвадорских военных.

Лидер PDC Хосе Наполеон Дуарте был мэром Сан-Сальвадора с 1964 по 1970 год, победив на трех выборах во время режима президента PCN Хулио Адальберто Риверы Карбальо, который разрешил свободные выборы мэров и Национального собрания. Позже Дуарте баллотировался на пост президента от политической группировки «Национальный оппозиционный союз», но потерпел поражение на президентских выборах 1972 года. Он проиграл экс-министру внутренних дел полковнику Артуро Армандо Молинана выборах, которые широко рассматривались как мошеннические; Молина был объявлен победителем, хотя Дуарте, как говорили, получил большинство голосов. Дуарте, по просьбе некоторых офицеров армии, поддержал восстание в знак протеста против фальсификации выборов, но был схвачен, подвергнут пыткам, а затем сослан. Дуарте вернулся в страну в 1979 году, чтобы заняться политикой после работы над проектами в Венесуэле в качестве инженера.

15 октября 1979 года в результате государственного переворота к власти пришла Революционная правительственная хунта. Он национализировал многие частные компании и захватил много частной земли. Целью этой новой хунты было остановить революционное движение, уже начавшееся в ответ на украденные выборы Дуарте. Тем не менее, олигархия выступила против аграрной реформы, и хунта сформировалась из молодых реформистских элементов из армии, таких как полковники Адольфо Арнольдо Маджано и Хайме Абдул Гутьеррес, а также из прогрессистов, таких как Гильермо Унго и Альварес.

Давление со стороны олигархии вскоре распустило хунту из-за ее неспособности контролировать армию в ее репрессиях против людей, борющихся за права профсоюзов, аграрную реформу, лучшую заработную плату, доступное здравоохранение и свободу выражения мнений. Тем временем партизанское движение охватывало все слои сальвадорского общества. Учащиеся средних и старших классов были организованы в MERS (Movimiento Estudiantil Revolucionario de Secundaria, Революционное движение учащихся средних школ); студенты колледжей были связаны с AGEUS (Asociacion de Estudiantes Universitarios Salvadorenos; Ассоциация студентов сальвадорских колледжей); и рабочие были организованы в BPR (Bloque Popular Revolucionario, Народно-революционный блок). В октябре 1980 года несколько других крупных партизанских групп сальвадорских левых сформировали Национальный фронт освобождения Фарабундо Марти, или ФНОО. К концу 1970-х годов правительственные эскадроны смерти убивали около 10 человек каждый день. Между тем, FMLN было 6000 до 8000 активных партизан и сотни тысяч неполный рабочий день милиции, сторонников и сочувствующих.

США поддержали и профинансировали создание второй хунты, чтобы изменить политическую обстановку и остановить распространение левого восстания. Наполеон Дуарте был отозван из своего изгнания в Венесуэле, чтобы возглавить эту новую хунту. Однако революция уже шла полным ходом, и его новая роль в качестве главы хунты была воспринята населением как оппортунистическая. Он не смог повлиять на исход восстания.