РАС функционирует как сеть нейронов и нервных волокон, пронизывающих ствол головного мозга. Она состоит из двух частей: восходящей РАС, которая контактирует с отделами головного мозга, включая кору, таламус (зрительный бугор) и гипоталамус; и нисходящей РАС, которая контактирует с мозжечком и нервными волокнами, ответственными за различные чувства.