Saadakseen häiritsemättä harjottaa tutkimuksiansa päätti Descartes muuttaa pois Pariisista ja valitsi olopaikakseen Hollannin, jonka lauhkea ilmanala häntä paljon enemmän miellytti kuin Pariisin ilmanala, jonka kesäinen kuumuus häntä suuresti rasitti. Lisäksi filosofin lukuisat pariisilaiset tuttavat seurustelullaan häntä häiritsivät. Maaliskuulla v. 1629, siis kolmenkymmenen kolmen vuoden ikäisenä, muutti Descartes mainittuun maahan ja viipyi siellä kaksikymmentä vuotta. Hän muutti siellä usein asuinpaikkaa välttääkseen tuttaviensa häiritseviä tervehdyksiä ja kysymyksiä. Oloonsa Hollannissa hän muuten oli hyvin tyytyväinen, koska hän siellä saavutti toivomansa levollisen työpaikan. Tämä tyytyväisyys ilmenee eräästä kirjeestä, jonka Descartes Toukokuun 5 p. v. 1631 Amsterdamista lähetti ystävälleen Balzac'ille, jota hän kehotti tulemaan Hollantiin. Siinä hän antaa olostaan seuraavan kuvauksen: "Kävelen joka päivä suuren väkijoukon keskellä yhtä vapaasti ja levollisesti kuin ikinä Te puistossanne. En näet kiinnitä ohikulkeviin sen suurempaa huomiota kuin puihin tai eläimiin, jotka näkisin metsässänne. Väkijoukon melu ei keskeytä mietiskelyäni enempää kuin jonkun puron lirinä. Ajatellessani tämän kansan tekoja, koen siitä yhtä paljon mielihyvää kuin Te nähdessänne talonpoikien viljelevän peltojanne. Sillä tämä väestö työskentelee kaikin puolin kaunistaakseen asuinpaikkaani ja poistaakseen kaikki puutteellisuudet. Te iloiten näette hedelmien kasvavan puutarhoissanne ja nautitte kaikesta runsain määrin, mutta tietäkää myös, että meillä täällä on yhtä paljon tyytyväisyyden aihetta nähdessämme tänne saapuvan laivoja, jotka tuovat mukanaan mitä runsaimpia ja harvinaisimpia Intian ja Europan tuotteita. Minkä toisen paikan maailmassa saattaisinkaan löytää, jossa kaikki elämän mukavuudet ja mahdolliset harvinaisuudet niin helposti olisivat saatavissa kuin täällä! Missä toisessa maassa saattaisikaan nukkua turvallisemmin kuin täällä, missä on sotavoimia alati valmiina varta vasten meitä suojelemaan, missä vangitsemiset, petokset ja parjaukset ovat harvinaiset ja missä enimmin on säilynyt esi-isiemme viattomuutta!"

Näissä mieluisissa oloissa Descartes kokosi ja järjesti ne mietteet ja tutkimukset, jotka ovat hänen filosofiansa perustuksena. Loppupuolella vuotta 1633 hän viimeisteli teostaan "Traité du monde ou de la lumière" (Tutkimus maailmasta tai valosta), jossa hän kannatti sitä mielipidettä, että maa liikkuu. Hän aikoi lähettää tämän teoksen Pariisiin ystävälleen Mersenne'lle, saadakseen sen hänen toimestaan painatetuksi, kun sai kuulla, että Galilei saman väitteen takia oli tuomittu. Osottaen arkuutta, jota huolimatta sen ajan papiston ylenmääräisestä vainoomishalusta, on vaikea puolustaa, luopui Descartes heti teoksensa julkaisemisesta, jopa hän oli vähällä polttaa sen käsikirjoituksen. Onneksi hän ei kuitenkaan pannut viimeksimainittua aietta täytäntöön; vasta kaksikymmentä seitsemän vuotta Descartes'n kuoleman jälkeen tämä teos julkaistiin Pariisissa. Vuonna 1637 julkaisi Descartes Leyden'issä teoksensa "Discours de la Méthode" (Metodin Esitys) samassa nidoksessa kuin tutkimukset "La Dioptrique" (Dioptriikki), "Les Météores" (Meteorit) ja "La Géométrie" (Geometria).

Vaikka Descartes varovaisuudellaan oli välttänyt katolilaisen kirkon vainon, herättivät hänen julkaisemansa mainitut teokset kateutta ja hyökkäyksiä toiselta taholta. Näiden alkuunpanija oli ministeri, sittemmin Utrechtin yliopiston rehtori, Voetius, joka v. 1639 kirjoitti ateismia koskevia väitteitä. Niissä ei oltu mainittu Descartes'n nimeä, mutta kaikkia Descartes'n esittämiä aatteita esitettiin siinä ateistisina. Seuraavana kolmena vuotena mainittu Voetius jatkoi hyökkäyksiänsä, joita ei ainoastaan suunnattu Descartes'iin vaan myöskin Descartes'n oppilaaseen, Regius'een. Vuonna 1643 Voetius otti avustajakseen erään Schookius nimisen miehen. Tämä julkaisi erityisen teoksen, jossa hän koetti osottaa, että Descartes'n filosofia suorastaan johti skeptisismiin ja ateismiin. Nyt vasta Descartes ryhtyi tehokkaammin julkisuudessa puolustautumaan. Hänen puolustautumisensa ei kuitenkaan saavuttanut toivottua tulosta; yleisön mieli oli liiaksi kiihottunut, ja Descartes'n vastustajat saivat hänen puolustuskirjoituksensa johdosta vain uutta yllykettä vainoomiselleen. He syyttivät Descartes'ia parjauksesta. Päätettiin panna toimeen salainen oikeusjuttu Descartesia vastaan, tuomita hänet syyllisenä ateismiin ja parjauksiin sekä poltattaa hänen teoksensa. Sattumalta Descartes sai tiedon näistä hankkeista ja kääntyi Ranskan lähettilään puoleen, jonka onnistui ehkäistä juonittelevien vainoojien tuumat.

Tällävälin, v. 1641, oli Descartes Pariisissa julkaissut teoksensa "Meditationes de prima philosophiae, ubi de Dei existentia et animae immortalitate" (Mietiskelyjä filosofian peruskysymyksistä, sekä Jumalan olemassaolosta ja sielun kuolemattomuudesta). Vuonna 1644 julkaisi hän Amsterdamissa luonnonfilosofisen teoksensa "Principia Philosophiae" (Filosofian perukset).

Alankomaissa-olo kävi Descartes'lle mainittujen selkkauksien tähden epämieluiseksi. Vuosina 1644, 1647 ja 1648 hän poikkesi lyhyille tervehdyksille synnyinmaahansa. Silloin häntä kehotettiin asettumaan Ranskaan, mutta La Fronde-kapinan levottomuudet näyttävät etupäässä vaikuttaneen, ett'ei rauhaa rakastava filosofi noudattanut tätä kehotusta. Eräällä näistä käynneistään Ranskassa tutustui Descartes de Chanut-nimiseen mieheen, josta sittemmin tuli Ranskan lähettiläs Ruotsissa. Tämä Chanut käänsi Kristiina kuningattaren huomion Descartes'n teoksiin. Tieteitä suosiva ja harjottava kuningatar ihastui niihin siihen määrään, että hän päätti kutsua Descartes'n hoviinsa. Ennenkuin seuraamme filosofia tälle matkalle, koskettelemme hänen suhdettansa toiseen tieteitä harrastavaan ruhtinattareen, nimittäin prinsessa Elisabetiin. Hän oli onnettoman, maansa menettäneen Böhmin kuninkaan, Fredrik V:n tytär. Puolan kuningas, Ladislaus IV, oli kosinut Elisabetia; mutta prinsessa hylkäsi valtaistuimen, valiten vaatimattoman aseman, syrjässä suuren ja loistavan maailman hyörinästä, voidakseen kokonaan antautua henkensä viljelemiseen. Äidiltään oli tämä ruhtinatar oppinut kuusi eri kieltä; sitäpaitsi hän oli perehtynyt kirjallisuuteen ja tutki filosofiaa ja matematiikkia. Saatuaan käsiinsä Descartes'n teokset ja luettuaan niitä, arveli hän, ett'ei hän sitä ennen ollut mitään oppinut. Ja nyt heräsi hänessä harras toivo tutustua Descartes'iin ja saada häneltä opetusta.

Prinsessa Elisabet pyysi siis Descartes'ia tulemaan luokseen. Filosofi noudatti kutsuja ja rupesi, prinsessan asuinpaikalle saavuttuaan, ammentamaan ruhtinaalliselle oppilaalleen tietovarastonsa aarteita. Descartes huomasi oppilaassaan yhtä paljon tiedonhalua kuin kykyä ja oli pian saattanut hänet omistamaan tieteensä johtavat aatteet. Prinsessa Elisabetille Descartes omisti teoksensa "Principia Philosophiae", ja hänen kanssaan filosofi ylläpiti kirjeenvaihtoa kuolemaansa saakka. Tätä ruhtinatarta varten kirjoitti Descartes v. 1646 teoksensa "Traité des Passions" (Mielenliikutuksien Tutkistelu) ja antoi hänen ensiksi lukea sen käsikirjoituksena. Vuonna 1650 tämä teos painettiin Amsterdamissa.

Meillä on jälellä silmäyksen luominen Descartes'n Ruotsin matkaan ja hänen elämänsä loppuaikaan.—Luettuaan v. 1647 Descartes'n teokset, kirjoitti Kristiina kuningatar Descartes'lle kirjeen, jossa hän kysyi, mikä on korkein hyvä. Descartes vastasi, että korkein inhimillinen hyvä on luja tahto tehdä hyvää, sekä hyvän omantunnon tuottama mielenrauha. Kristiina oli niin tyytyväinen tähän vastaukseen, että hän omakätisesti kirjoitti filosofille kiitoksensa siitä. Vuonna 1649 Kristiina lähetti Descartes'lle hyvin ystävälliset kutsut tulemaan Tukholmaan, Descartes oli kauan kahden vaiheilla, mitä tekisi. Mutta lopulta se toivo, että Ruotsin kuningatar valmistaisi hänelle tilaisuuden tieteellisten kokeiden ja tutkimuksien jatkamiseen, lienee taivuttanut häntä kutsuja noudattamaan. Lokakuun alussa, vuonna 1649 hän saapui Tukholmaan. Kuningatar otti hänet vastaan suurilla kunnianosotuksilla ja myönsi hänelle useita vapautuksia jäykistä ja väsyttävistä hovimenoista.

Tiedonhaluinen kuningatar rupesi heti filosofin oppilaaksi. Varsin aikainen hetki valittiin oppituntia varten. Jo kello viisi aamuisin meni Descartes linnaan ylhäisen oppilaansa opintoja ohjaamaan. Kristiina oli niin huvitettu tästä opetuksesta, että hän päätti kokonaan kiinnittää Descartes'n Ruotsin maahan. Hänen aikomuksensa oli lahjoittaa filosofille avaroita maa-aloja Etelä-Ruotsissa. Mutta nämät tuumat raukesivat tyhjiin. Descartes, jonka heikolle terveydelle pohjoismainen kylmä ilmanala oli hyvin vahingollinen, sairastui oltuaan vain lyhyen ajan Tukholmassa, vuoden 1650 alussa ja kuoli Helmikuun 11 päivänä samana vuonna. Viimeisinä elinpäivinään oli hän lausunut tuntiessaan loppunsa lähenevän: "Sieluni, olet kauan ollut vankina; nyt on tullut se hetki, jolloin pääset vapaaksi vankeudesta ja ruumiin vastuksesta; tämä ero on kestettävä iloiten ja rohkeasti."

Vuonna 1666 Descartes'n tomu siirrettiin Ranskaan ja kätkettiin Pariisin Saint-Étienne-du-Mont kirkkoon. Kesäkuun 24 päivänä v. 1667 pantiin mainitussa kirkossa toimeen juhlallinen jumalanpalvelus hänen muistokseen. Senjälkeen piti yliopiston kanslerin, nimeltä Lallemand, lausua muistopuhe Descartes'n kunniaksi, mutta hovista tuli kirkkoon nimenomainen kielto. Eräs pappi, nimeltä Le Tellier, joka piti Descartes'n mielipiteitä liian vapaina, oli erityisellä pyynnöllään hovissa aiheuttanut tämän kiellon.

Luonteeltaan oli Descartes lempeä ja hiljainen. Pukunsa oli yksinkertainen, mustasta kankaasta tehty; ruoan suhteen hän oli hyvin kohtuullinen. Sekä luontaisesta taipumuksesta, että tutkimuksiensa häiritsemättömän harjottamisen vuoksi vetäytyi hän kernaasti yksinäisyyteen. Hän oli omistanut mielilauseekseen Ovidius'en sanat: "Bene vixit qui bene latuit" (Se on hyvin elänyt, ken on elänyt hyvin salassa). Toinen hänen omistamansa elämänohje oli seuraava Senecan lause: "Illi mors gravis incubat, qui notus nimis omnibus, ignotus moritur sibi" (Sitä kohtaa kova kuolo, joka eroaa elämästä ylen tunnettuna muille, mutta tuntematta itse itseänsä).

Kuten kaikilla ihmisillä, etevimmilläkin, oli myös Descartes'lla heikkoutensa, joita, luodessamme piirteitä hänen elämästään, emme totuudellisuuden vuoksi saata jättää mainitsematta. Hänen varovaisuutensa vakaumuksiensa ilmaisemisessa osotti miltei pelkurimaisuutta. Mutta sen ajan sietämättömyys kaikkien dogmeista eroavien aatteiden ja vakaumuksien suhteen, selittää, jollei puolusta, hänen liiallista varovaisuuttaan. On myös syytä olettaa, että Descartes yhtä paljon pelkäsi rauhallisen, tieteelle omistamansa elämän häiritsemistä, kuin suoranaista vainoa, ja että hän senvuoksi kierrellen mainitsi, tai vallan jätti mainitsematta sellaiset vakaumukset, joiden hän luuli herättävän kiistelyä tai vastustusta. Toinen heikko luonnepiirre oli ylenmääräinen itsetietoisuus ja ylpeys omasta etevyydestä, joita havaitsemme paikoittain hänen teoksissaan ja kirjeissään. Hänen harvinaisen runsaat henkiset lahjansa ja uudistuksia tähtäävät pyrintönsä viekottelivat häntä väliin tarpeettomasti tuomaan esille kykynsä ja aikaansaannoksiensa etevyyttä. Mutta nämät epäedulliset puolet katosivat miltei kokonaan monien arvokkaiden luonteenominaisuuksien rinnalla. Descartes oli syvästi ihmisystävällinen. Vihamiehiänsäkin hän kohteli maltillisesti. Hänellä oli tapana sanoa: "Jos joku minua loukkaa, koetan kohottaa mieleni niin korkealle, ett'ei loukkaus siihen asti ylety". Palvelijoitaan hän kohteli kuin olisivat olleet hänen köyhiä ystäviään, joita tuli lohduttaa ja auttaa. Hän opetti heille hyviä tapoja, jopa tieteitäkin. Eräs hänen palvelijoistaan hyötyi niin oppineen isäntänsä neuvoista ja seurustelusta, että hänestä myöhemmin tuli matematiikin opettaja. Ystävilleen tekemistään hyvistä teoista ei hän edes tahtonut mitään kiitosta. "Olen velkapää tuntemaan kiitollisuutta niitä kohtaan,– sanoi hän—jotka antavat minulle tilaisuuden palvella heitä."