В результате навязанного Помпеем политического урегулирования Иерусалим перестает быть столицей обширного независимого государства и превращается в административный центр римского протектората, занимающего лишь часть территории Хасмонейского царства.
В 40 г. до н. э. Иерусалим с помощью парфян захвачен Антигоном II, сместившим признанного римлянами правителя Гиркана II. Спустя три года Иерусалим осажден и взят Иродом I и его союзниками – римлянами. Взятие города сопровождалось грабежом и резней, и Ироду с трудом удалось спасти город и Храм от полного разрушения римскими легионерами.
Ирод I, который правил в 37—4 гг. до н. э., расширил и укрепил город. Он перестроил старую городскую крепость Бира (по-гречески Барис), назвав ее Антонией в честь своего императора-триумвира – Марка Антония; близ нынешних Яффских ворот построил цитадель, от которой доныне уцелела башня Пцаэль; возвел великолепные дворцы и форумы. Особой роскошью отличался примыкавший к цитадели укрепленный царский дворец, за внешней оградой которого были разбиты сады с мраморными портиками и множеством статуй. Храм был расширен и перестроен, а его высота удвоена. Ирод увеличил земляной подсыпкой площадь верхней части Храмовой горы, для чего возвел вокруг горы подпорную стену из огромных тесаных камней; надземная часть стены со стороны Храмовой площади была оформлена в виде крытых аркад. Южную стену Храмовой горы венчала базиликальная «царская колоннада», от которой вела вниз роскошная лестница.
При этом Ирод оставался жестоким и беспощадным правителем: еврейская традиция говорит, что после перестройки Иродом Храм потерял половину своей святости. Римский историк Плиний Старший свидетельствует, что при Ироде Иерусалим был самой известной и самой блестящей из столиц Востока, однако, несмотря на все успехи Ирода в градостроительстве, евреи продолжали ненавидеть его как проводника римской власти…