Многие дети с аутизмом имеют аномалии иммунной системы[311] или гиперактивную иммунную систему. У детей с аутизмом часто встречаются желудочно-кишечные инфекции[312] и воспаления, пищевая аллергия (в основном на злаки, глютен, молочные продукты и сахар), астма (так же подразумевающая воспаление) и кожные воспалительные процессы. Известно, что противовоспалительные препараты смягчают симптомы аутизма. Конечно, существуют другие, не воспалительные факторы, такие как недостаток определенных химических соединений, но воспаление является ключевым. Герберт приводит множество примеров детей, чье состояние резко улучшилось после решения проблемы с хроническим воспалением. У мальчика Калеба, который по всем признакам страдал от хронического воспаления и постоянно лечился от разных инфекционных заболеваний, развился регрессивный аутизм, исчезнувший в десятилетнем возрасте, когда мать исключила глютен из его рациона