Полезное действие пробиотиков и пробиотических продуктов известно с начала XX в., когда И. И. Мечниковым была создана простокваша с живыми ацидофильными бактериями. В 1918 г. А. Нисле предложил использовать препарат из кишечной палочки для лечения диареи. В нашей стране пробиотики, содержащие эшерихии, стали выпускать с середины XX в. Затем в 70-х гг. были разработаны и внедрены в практику отечественные бифидумбактерин и лактобактерин, нашедшие широкое применение в лечении дисбактериоза кишечника. В дальнейшем велась активная работа по расширению ассортимента пробиотических штаммов, входящих в биопрепараты. Новые биотехнологии, позволяющие создать препараты активного действия, были внедрены в конце XX – начале XXI в.