Некоторые аутоиммунные заболевания поражают отдельные органы. При диабете 1-го типа иммунная система атакует поджелудочную железу, при Базедовой болезни и тиреоидите Хашимото целью атаки является щитовидная железа, при рассеянном склерозе иммунные клетки разрушают защитную оболочку нервных волокон.