Ключевыми являются также естественные роды. Доказано, что вагинальные роды способствуют заселению кишечника ребенка бактериями Lactobacillius, Prevotella, Senthia spp. В свою очередь, роды через кесарево сечение благоприятствуют колонизации кожными бактериями Staphylococcus, Corynebacterium или Propionibacterium spp.