при использовании любого сервиса возможности вашего сайта будут ограничены возможностями этого сервиса, и по мере развития интернет-магазина вам перестанет этих возможностей хватать. Захотите вы сделать уникальную систему скидок, а сервис этого не позволяет, захотите вы сделать модуль по отслеживанию посылок, а сервис этого не позволяет.