Основные проблемы автоматизации бухгалтерского учета в государственных (муниципальных) учреждениях: ошибки в определении потребностей экономического субъекта (стремление к автоматизации каждого шага, излишнее усложнение автоматизированной системы), частое изменение бухгалтерского законодательства (как решение – использование гибких программ); недостаток квалифицированных кадров; перенос данных в новую учетную систему.