Возбудитель болезни — Neisseria meningitidis (менингококк Вексельбаума). Это грамотрицательный диплококк, неподвижный, жгутиков и капсул не имеет, спор не образует. Культивируется на средах, содержащих человеческий или животный белок, аэроб. Установлено наличие 13 серологических типов менингококка (A, B, C, D, X, Y, Z и др.). В настоящее время ведущими являются серотипы В, С и Y. Возбудитель вырабатывает ферменты – гиалуронидазу и нейраминидазу. Основным фактором патогенности является эндотоксин, который представляет собой белково-липополисахаридный комплекс. Менингококк неустойчив в окружающей среде, вне организма быстро погибает (под действием прямого солнечного света, нагревания, дезинфицирующих растворов, в 70 %-ном этиловом спирте). В слизи из носоглотки может сохраняться 1 – 2 ч. При температуре 50 °C менингококк погибает через 5 мин, при низких температурах (–7…–10 °C) – через 2 ч.