Основным источником заражения лямблиями во всем мире признана содержащая цисты вода. Хлорирование не убивает цисты лямблий. Широко распространенные фильтры для воды, якобы задерживающие микроорганизмы, несмотря на заверения производителей, не очищают воду от цист лямблий, для этого нужна довольно сложная технология с применением вакуумного насоса. Поэтому одним из средств профилактики заражения лямблиями является употребление только кипяченой воды.