Еще во время Итальянской компании Бонапарт вынашивал планы, касающиеся Средиземноморья. «Французская республика рассматривает Средиземное море как свое море и стремится там доминировать», — заявил он австрийскому представителю. По всей видимости, тогда же у командующего Итальянской армией и зародились планы Египетского похода. Экспедиция в Египет готовилась в крайне сжатые сроки: уже 19 мая 1798 года эскадра вышла из Тулона, а 9 июня была на рейде Мальты, которую Бонапарт считал одной из ключевых точек для контроля над Средиземноморьем. На захват острова потребовалось всего несколько дней.