После триумфального приема в Париже (среди прочего его избрали членом Института Франции) Бонапарт начал готовиться к экспедиции через Ла-Манш. Однако уже в феврале 1798 года, ознакомившись с положением дел, он приходит к выводу, что десант, будь то в Англию или Ирландию, окажется для Республики гибельным: у Франции не было достаточного количества ресурсов для осуществления экспедиции. В начале марта, ознакомившись с докладом Бонапарта, Директория принимает решение вместо Англии послать войска в Египет, принадлежавший Османской империи. Это позволяло поставить под угрозу торговлю Англии с Востоком и при благоприятном раскладе подготовить вторжение в Индию. Вместе с армией направлялись и более полутора сотен ученых различных специальностей, а также люди искусства.