Во Францию Гротендик вернулся другим человеком. Майские протесты 1968 года оказали на него сильное влияние, и однажды на мастер-классе в Университете Париж-Юг он призвал более сотни студентов отказаться от «опасной и жестокой науки» математики из-за угрозы, которую она несет человечеству. Мир уничтожат не политики, сказал он, а такие ученые, как они, которые, «сами того не осознавая, приближают апокалипсис».
С того дня он участвовал в конгрессах при одном условии: ему позволят говорить об экологии и пацифизме не меньше, чем о математике. На лекциях он раздавал инжир и яблоки из собственного сада и предупреждал о разрушительной силе науки