Инициалы — это сокращения от имени и отчества, а два сокращенных инициала подряд не могут превращаться в аббревиатуру.
Неправильно
В.И.Пупкин
Правильно
В. И. Пупкин
В латинской транскрипции тоже нельзя отчество писать одной буквой при полном имени. Отчество — это не второе имя и не может сокращаться на манер инициала «Ф.» у президента Кеннеди.