Свято место пусто не бывает. Предотвращая заражение двумя или четырьмя штаммами ВПЧ, вакцинация приводит к тому, что они заменяются другими штаммами. В опубликованном в 2016 году исследовании обнаружилось, что есть снижение в распространенности 4 штаммов ВПЧ у молодых девушек, но нет никакого изменения в распространенности ВПЧ, если учитывать все штаммы вируса {16}. Онкогенные штаммы ВПЧ 16 и 18 заменились другими онкогенными штаммами {17}. Подобные результаты были получены в исследованиях в Италии, Нидерландах и США {18–20}.