Если по данному договору организация является налоговым агентом по НДС, то нужно установить флажок Организация выступает в качестве налогового агента по уплате НДС (он доступен только в том случае, если в поле Вид договора указано значение С поставщиком или С комитентом). По умолчанию данный параметр отключен.