17 февраля 1938 г. и погребен в безвестной общей могиле на полигоне Бутово под Москвой27.
На Юбилейном Соборе Русской Православной Церкви в августе 2000 г. отец Иоанн Артоболевский был канонизирован как священномученик, память которого отмечается в день его кончины – 17 февраля28.