Когда российские войска подошли к Ташкенту, Худояра свергли во второй раз, а Коканд на тот момент контролировал кипчакский военачальник Алимкул. Он выехал из Коканда навстречу российским войскам, но был смертельно ранен в бою. Раздираемые внутренними разногласиями, кокандцы в конце концов бежали, предоставив Ташкент войскам Черняева. 29 июня 1865 года знать открыла городские ворота и сдалась. Однако русские не превратили город в вассальное государство, а сделали его столицей нового региона, куда вошли все завоеванные за десять лет территории вниз по течению Сырдарьи. Новый регион они назвали Туркестаном. Это название уже присутствовало в обиходе и означало «землю тюрков». Теперь оно стало применяться для конкретного административного образования, которому на протяжении следующей четверти века предстояло расшириться еще больше.