Распространенной формой организации логистического управления является матричная система управления. Преимущество такой организационной структуры заключается в интеграции двух или нескольких функций в рамках ответственности отдельного менеджера. Например, менеджер отвечает и за логистику, и за маркетинг товаров и подотчетен двум функциональным руководителям. Такие менеджеры могут иметь неограниченные полномочия и нести полную ответственность за удовлетворение нужд потребителей. Недостатком матричной системы управления является ее высокая стоимость, поскольку она требует более высокой квалификации служащих и более совершенных информационных систем, необходимых для поддержки работы менеджеров. Часто фирма в повседневной деятельности управляется на основе функциональной структуры управления. Однако для решения конкретных разовых проблем на короткий срок создают матричные команды из служащих, выполняющих разные функции. Служащие, которых привлекают для работы по таким краткосрочным проектам, должны отличаться высоким профессионализмом. Например, разработка многих логистических процессов и инструкций требует участия специалистов разных служб.