Когда были образованы министерства, министр внутренних дел граф Кочубей перезвал его в свою канцелярию с оставлением в прежней должности статс-секретаря при Государственном совете. Все важнейшие проекты законов, изданных с 1802 г., были редактированы Сперанским как управляющим департаментом Министерства внутренних дел. С 1806 г., когда первые сотрудники императора удалялись от него один за другим, Сперанский, за болезнью Кочубея, раз послан был с докладом к императору. Александр, уже знавший ловкого и расторопного статс-секретаря, был изумлен искусством, с каким был составлен и прочитан доклад. С тех пор они сблизились.