В настоящее время существуют три основных метода микробиомного анализа. Соскобы с кожи, слизистой носа, щек, урогенитальные мазки, а также образцы кала могут использоваться для оценки разнообразия микробов и их относительного количества на основании видовой идентификации. Этот метод называется таксономическим