Кофе и кофеин исторически связаны. Чистое вещество впервые было выделено немецким ученым Фридлибом Рунге по просьбе его друга Иоганна Вольфганга фон Гете. Рунге экстрагировал кофеин из кофе. Эта связь является настолько важной, что английское слово caffeine (кофеин) происходит от немецкого названия кофе Kaffee.