Параллельно он продолжал воевать с Папами и Ломбардской лигой, в третий и четвертый раз женился, подавил мятеж сына и запер того в тюрьме (хотя сейчас это спорный вопрос – выяснилось, что тот был болен проказой, так что это могла быть просто изоляция больного).
«Смерть Фридриха II предварила конец штауфеновской эпохи. Недолгие годы правления его сына Конрада IV (1250–1254) прошли в ожесточенной и безуспешной борьбе с папой Иннокентием – непримиримым врагом Штауфенов».
С конца XIII века распространилась легенда о том, что Фридрих II спит под горой, чтобы когда-нибудь воскреснуть и объединить всех немцев в единое королевство. Но постепенно Фридрих II в легенде был заменен на его деда Фридриха I Барбароссу, которого, собственно, поэтому так и любили в Третьем рейхе.