Университеты, реализующие крупные программы высококачественных исследований, находятся в поле зрения главных ученых компании. Shell заключила так называемые соглашения об «избранных партнерствах» с 11 университетами США, Российской Федерации, Великобритании, Китая, Норвегии и Нидерландов, с которыми были подписаны рамочные договоры о сотрудничестве в научных исследованиях в ряде областей и с конкретизацией проектов через приложения к рамочным договорам. Кроме того, имеются ситуационные договоры и с рядом других университетов. Сотрудничество с университетами позволяет Shell извлекать выгоду из государственного финансирования фундаментальных исследований в университетах, в то время как последние расширяют спектр своих исследований благодаря дополнительному финансированию от компании. Главные ученые следят за прогрессом исследований, принимают в них активное участие и часто входят в состав комиссий по оценке работы аспирантов, научные темы диссертаций которых спонсируются. В рамках такого сотрудничества университет получает право публикации результатов спонсируемого исследования, а Shell оставляет за собой права на интеллектуальную собственность. Конечно, в зависимости от ситуации возможны отклонения от этого принципа, и компания не всегда сохраняет права на интеллектуальную собственность в полном объеме. Правило жестко соблюдается только в тех случаях, когда фундаментальные исследования ведутся на контрактной основе и полностью оплачиваются Shell; в этом случае университет подписывает соглашение о неразглашении результатов – по крайней мере на какое-то время.