Как эксперт С. Г. Пепеляев неоднократно приглашался Конституционным Судом Российской Федерации для выражения позиции по делу. Он участник совещаний Высшего Арбитражного Суда Российской Федерации по вопросам налогообложения, финансов, арбитражного процесса.